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en:documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2018/11/20 10:33] – [for sequential programs (shell bash)] cicalugaen:documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2023/12/12 12:58] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-<note>**RAPPEL** : allo-psmn is just a connexion server; it allows you to have access to your files and to transfer them, **and that's all**. To work, you have to connect, from ''allo-psmn'', on [[documentation:clusters:services#serveurs_de_compilation|one of the compilation servers]]</note> 
  
- 
-The batch system currently used at the PSMN is Sun Grid Engine (SGE). Its documentation is [[documentation:tools:sge|on this page]] as well as [[faq:sge|in the F.A.Q.]]. 
- 
- 
-====== Submit a job ====== 
- 
-We use the command ''qsub'' to submit a job to the PSMN batch system. For exemple : 
- 
-<code bash> 
-qsub submission_script  
-</code> 
- 
- 
-====== Submission scripts ====== 
- 
-Here are some scripts for submitting a job to the PSMN batch system. 
- 
-<note warning> Some variables have to be updated, for exemple, according to [[documentation:clusters:batch#les_files_d_attente|the actual configurations of the queues]].</note> 
- 
-Other [[documentation:examples:tutorials_scripts|exemples of submission scripts ]], [[documentation:examples:submit_scripts|exemples of submission scripts]] as well as [[documentation:tutorials:build:accueil|tutorials]]. 
- 
-======for sequential programs  (shell bash)====== 
- 
-You can submit your job using the following command: 
- 
-<code bash> qsub submission_script </code> 
- 
-<code bash submission_script> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-### shell of the job 
-#$ -S /bin/bash 
-### job name (to change): 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### queue (to change) 
-#$ -q E5_test 
-### load the user environment for SGE 
-#$ -cwd 
-### to export environment variables to all runtime nodes 
-#$ -V 
-### mails at the beginning and end of execution 
-#$ -m be 
- 
-# go to the work / submission directory 
-# important, otherwise the program is running since ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configure the environment (to change) 
- 
-module load iccifort/2017.4  
- 
-### program execution (to change with your executable) 
-###EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel 
-###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat 
-./SommeVecVecSEQ.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
- 
-Work in the  /scratch 
- 
-<code bash script_seq> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-# 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/bash 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
-### configurer l'environnement (a changer) 
- 
-module load GCC/7.2.0  
- 
-### definition SCRATCHDIR 
-SCRATCHDIR=/scratch/votre_login/${SGE_O_WORKDIR} 
-### verif SCRATCHDIR 
-echo "SCRATCHDIR=${SCRATCHDIR}" 
- 
-### creation du repertoire de travail dans le /scratch 
-if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]]  
-then 
-   /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR} 
-fi  
- 
-### copie des fichiers sources dans le /scratch 
-/bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/* ${SCRATCHDIR}/ 
-  
-### se placer dans le repertoire d'execution AVANT le lancement du programme 
-cd ${SCRATCHDIR} 
-  
-### execution du programme 
-######EXECDIR=/scratch/cicaluga/tempo 
-EXECDIR=${SCRATCHDIR} 
-${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe > output_scratch 
-####./SommeVecVecSEQ.exe 
-  
-# copy results from scratch to home 
-/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output_scratch $SGE_O_WORKDIR/output_home 
-  
-# rm -fr ${SCRATCHDIR}/* 
-  
-# fin 
-</code> 
-====== Surveiller un job ====== 
- 
-Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]]. 
en/documentation/tutorials/submit/jobsequentielbash.1542710019.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)