Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- faq:chimie:amber [2018/07/23 13:28] – tjiang
+++ faq:chimie:amber [2022/03/03 16:27] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
 ====== AMBER ======
+===== Submission script =====
+<code bash sub_amber17.sh>
+#!/bin/bash
+#$ -S /bin/bash
+#$ -N amber17
+#$ -cwd
+#$ -V
+#$ -o npt4.out
+#$ -j y
+##=====================
+##Choose between cpu queues and gpu queues, default gpu queues
+##cpu queues
+##$ -q M6*,E5-2667*,E5-2697*,E5-2670deb*
+##$ -pe mpi16_debian 16
+##gpu queues
+#$ -q E5-2670gpuK20deb128,r7x0deb128gpu
+#$ -pe mpi_debian 1
+##=====================
+# PSMN: $Id$
+#
+export MODULEPATH="/home/tjiang/modules/lmod/:${MODULEPATH}"
+module use "${MODULEPATH}"
+#module file for gpu version of amber
+module load amber/17_gcc5.4.0_cuda8.0ga2_openmpi1.6.4
+#module file for cpu only version of amber
+#module load amber/17_intel15.0.2_openmpi1.6.4
+ambermod=$(basename "${AMBERHOME}")
+echo "${ambermod}"
+if [ "${ambermod}" = "gcc5.4.0_cuda8.0ga2_openmpi1.6.4" ]; then
+    amberexe="pmemd.cuda"
+else
+    amberexe="pmemd"
+fi
+echo "${amberexe}"
+ulimit -v unlimited
+ulimit -s unlimited
+######################"
+HOMEDIR="${SGE_O_WORKDIR}"
+HOSTFILE="${TMPDIR}/machines"
+cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
+echo NSLOTS="${NSLOTS}"
+if [[ -d "/scratch/Chimie" ]]
+then
+    SCRATCHDIR="/scratch/Chimie/${USER}/${JOB_ID}/"
+elif [[ -d "/scratch/Lake" ]]
+then
+    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
+elif [[ -d "/scratch/E5N" ]]
+then
+    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
+else
+    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"
+    exit 1
+fi
+# Using /tmp as scratch instead
+# SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/"
+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
+/bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
+###################
+Mac=$(hostname | awk '{print substr($1,1,2)}')
+NbMac=$(wc "${PE_HOSTFILE}" | awk '{print $1}')
+rm ./machines
+for i in $(seq 1 "$NbMac")
+    do
+        Mac=$(head -n "$i" "${PE_HOSTFILE}" | tail -1 | awk '{print $1}')
+        Nb=$(head -n "$i" "${PE_HOSTFILE}" | tail -1 | awk '{print $2}')
+        for j in $(seq 1 "$Nb")  # SC2034: j appears unused. Verify use (or export if used externally).
+             do
+                 echo "$Mac" >> ./machines
+                  done
+                  done
+                  cp "${PE_HOSTFILE}" ./PE_HOSTFILE
+                  cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
+                  echo "start at"
+                  date
+                  echo -n "Starting Script at: "
+                  date
+                  "$amberexe" -O -i "$HOMEDIR/min.in" \
+                                -o "$HOMEDIR/min.out" \
+                                -p "$HOMEDIR/dna_TT.prmtop" \
+                                -c "$HOMEDIR/dna3_TT.inpcrd" \
+                                -r "$HOMEDIR/dna_TT_min.rst" \
+                                -x "$HOMEDIR/dna_TT_min.mdcrd"
+                  echo "done at"
+                  date
+                  cp -rf -- outputfiles_only "${HOMEDIR}"
+                  rm -rf "${SCRATCHDIR}"
+</code>

faq/chimie/amber.1532352525.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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