Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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faq:chimie:amber [2020/06/23 14:26] – [Submission script] shellcheck (proper) ltaulellfaq:chimie:amber [2022/03/03 16:27] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 61: Ligne 61:
     SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"     SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
 else else
-    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}, fall back to current directory+    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}" 
-    SCRATCHDIR="${SGE_O_WORKDIR}"+    exit 1
 fi fi
 # Using /tmp as scratch instead # Using /tmp as scratch instead
 # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/" # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/"
  
-echo "${SCRATCHDIR}"+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
 /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
 ################### ###################
Ligne 86: Ligne 86:
                   cp "${PE_HOSTFILE}" ./PE_HOSTFILE                   cp "${PE_HOSTFILE}" ./PE_HOSTFILE
  
-                  cd "${SCRATCHDIR}" || echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"+                  cd "${SCRATCHDIR}" || echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
  
                   echo "start at"                   echo "start at"
Ligne 102: Ligne 102:
                   echo "done at"                   echo "done at"
                   date                   date
-                  cp -rf "${HOMEDIR}"  # please verify that one+                  cp -rf -- outputfiles_only "${HOMEDIR}" 
 +                  rm -rf "${SCRATCHDIR}"
  
  
 </code> </code>
faq/chimie/amber.1592922381.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)