Différences

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faq:chimie:amber [2020/06/24 10:02] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:amber [2022/03/03 16:27] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 61: Ligne 61:
     SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"     SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
 else else
-    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}, fall back to current directory+    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}" 
-    SCRATCHDIR="${SGE_O_WORKDIR}/scratch/"+    exit 1
 fi fi
 # Using /tmp as scratch instead # Using /tmp as scratch instead
 # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/" # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/"
  
-echo "${SCRATCHDIR}"+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
 /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
 ################### ###################
Ligne 102: Ligne 102:
                   echo "done at"                   echo "done at"
                   date                   date
-                  cp -rf -- "${HOMEDIR}" +                  cp -rf -- outputfiles_only "${HOMEDIR}" 
-                  rm -rf ${SCRATCHDIR}+                  rm -rf "${SCRATCHDIR}"
  
  
 </code> </code>
faq/chimie/amber.1592992931.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)