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faq:chimie:orca [2019/01/21 13:47] – créée tjiangfaq:chimie:orca [2022/03/03 16:30] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 1: Ligne 1:
 +====== ORCA ====== 
 +===== Submission script ===== 
 +<code bash submission_script>
 #!/bin/bash #!/bin/bash
 #$ -S /bin/bash #$ -S /bin/bash
 #$ -N Orca #$ -N Orca
-#$ -cwd +#$ -cwd 
 +#$ -V
 #$ -q  E5-2667v4deb256A,E5-2697Av4deb256,M6*,E5-2670deb256* #$ -q  E5-2667v4deb256A,E5-2697Av4deb256,M6*,E5-2670deb256*
 #$ -pe mpi32_debian 32 #$ -pe mpi32_debian 32
- 
  
 module use /home/tjiang/modules/lmod module use /home/tjiang/modules/lmod
 module load orca/4_0_1_2_linux_x86-64_openmpi202 module load orca/4_0_1_2_linux_x86-64_openmpi202
  
-input=RuExtrap.inp +input="RuExtrap.inp" 
-output=`basename $input .inp`.out +output=$(basename "${input}" .inp).out 
-export SCRATCHDIR=/scratch/$USER/$JOB_ID + 
-#rm -rf $SCRATCHDIR +if [[ -d "/scratch/Chimie" ]] 
-mkdir -p $SCRATCHDIR+then 
 +    SCRATCHDIR="/scratch/Chimie/${USER}/${JOB_ID}/" 
 +elif [[ -d "/scratch/Lake" ]] 
 +then 
 +    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/" 
 +elif [[ -d "/scratch/E5N" ]] 
 +then 
 +    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
  
-cd $SGE_O_WORKDIR +else 
-cp $input  $SCRATCHDIR +    echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}" 
-cd  $SCRATCHDIR +    exit 1 
-orca $input > $SGE_O_WORKDIR/$output +fi 
-cp * $SGE_O_WORKDIR +echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}" 
-cd $SGE_O_WORKDIR +mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
-rm -rf $SCRATCHDIR/+
  
 +cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
 +cp "${input}"  "${SCRATCHDIR}"
 +cd  "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
 +/home/tjiang/softs/orca/4_0_1_2_linux_x86-64_openmpi202/orca "${input}" > "${SGE_O_WORKDIR}/${output}"
 +cp -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}"
 +cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
 +rm -rf "${SCRATCHDIR}"
  
 +</code>
faq/chimie/orca.1548078478.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)