Missions

Le Hub Biocomputing est chargé d’animer et de promouvoir la bio-informatique au sein du LBMC. Les actions du Hub s’organisent autour de 3 axes :

1. le développement de standards pour le laboratoire

Le Hub Biocomputing met à disposition des guides et outils pour faciliter les collaborations entre les membres du laboratoire.

Par exemple le Hub Biocomputing a mis en place:

• un guide des bonnes pratiques pour standardiser le format des projets
• un guide sur gestion la de données pour sauvegarder et partager plus facilement les données générées au laboratoire
• un serveur Gitlab pour le partage de code et de scripts

2. la formation

Pour rendre accessible à tous les membres du laboratoire ces outils et favoriser le partage de méthodes, le Hub Biocomputing organise des formations.

• Unix et ligne de commande
• Les bases de R
• Les bases de git
• Nextflow

Ces formations sont souvent données en collaboration avec les autres laboratoires de la SFR-Bioscience et de son Conseil d’Analyse Numérique (CAN).

3. le renforcement des projets entre biologistes et bioinformaticiens

En utilisant les bases développées dans les axes 1 et 2, les membres du Hub Biocomputing interviennent aussi sur des projets portées par les membres du laboratoire.

Ces projets sont de trois types:

• Accompagnement de biologiste au traitement et à l’analyse de ses données
• Co-encadrement d’étudiants en bio-informatique
• Intervention d’urgence pour des dates limites liées à des publications

Projets

Le Hub Biocomputing est impliqué dans des projets variés :

2021 Équipe Bernard: Développement d’une méthode de normalisation pour des données de Chip-Seq qualibré

Pour pourvoir analyser des variations globales sur tout le génome de l’occupation de condesine chez S. pombe nous avons mis au point un pipeline nextflow implémentant la normalisation proposée par Hu et al. Nous avons amélioré cette normalisation en proposant une normalisation calibrée utilisant les données de l’input base par base. Cette amélioration nous a permis de prendre en compte les variations d’accessibilité de la chromatine dans le signal observé ainsi que de pouvoir regarder l’occupation de condensine aux régions répétées du génome.

2019 Équipe ECBN: Analyse du génome de Mesorhabditis belari:

Pour mieux les méchanismes de stratégie reproductive du vers Mesorhabditis belari, qui produit 9% de mâles, nous avons réalisé un assemblage hybride de son rénome à partir de séquence WGS paired-end (100 pb) à 200x ainsi que de long-read 10x (nanopore). L’annotation de ce génome à été faite à l’aide de données RNA-Seq pour les gènes et des données DNA-Seq pour les éléments répétés. Nous avons ensuite utilisé cet assemblage pour identifié des régions du génome sexes spécifiques, ainsi que des SNP sexe spécifique. Ces SNP et régions ont ensuite pu être utilisé pour designer des sondes PCR ou faire des expériences de DNA FISH.

2017 Équipe PRIO: Analyse automatique de données de FACS

Écriture d’un package R pour l’analyse de la stabilité de la protéine TAL1, impliquée dans le développement des leucémies aiguës des cellules T. Cette étude a été réalisée en établissant des lignées de lymphocyte T (Jurkat) exprimant deux protéines fluorescentes : GFP et RFP fusionnée à notre protéine, à partir du même ARNm (utilisation de “self-cleaving sequences”). Le Ratio de fluorescence RFP sur GFP permet d’évaluer la stabilité de la protéine fusionnée à RFP. Le package R développer permet d’analyser directement des fichiers de sorties de FACS, et d’effectuer des étapes de gating automatique avant d’analyser les données de dizaines de protéines différentes pour des milliers de cellules avec un modèle linéaire.

Vous pouvez consulter la liste des projets sur lesquels les membres du Hub Biocomputing interviennent.

Stages

Vous pouvez consulter la liste des sujets de stage co-encadré ou encadré par le Hub Biocomputing

Composition

Le Hub Biocomputing est composé de 5 membres permanents sous la direction de Daniel Jost, Franck Mortreux et Laurent Modolo:

• Ghislain DURIF, IR CNRS (100%)
• David CLUET, IR CNRS (20%)
• Laurent MODOLO, IR CNRS (90%)
• Nicolas Fontrodona, IE, ENS (30%)
• Stéphane JANCZARSKI, IE CNRS (20%)
• Stève de BOSSOREILLE, IR CNRS (20%)

Les membres du Hub sont chargés de l’exécution des missions du Hub Biocomputing comme les formations et l’implémentation de standards ainsi que de la réalisation des projets d’accompagnement ou de co-encadrement portés par des membres du laboratoire.

Comité Biocomputing

Le Comité Biocomputing est composé de 15 membres, se réunissant plusieurs fois par an pour décider des actions futures du Hub Biocomputing.

Lors de ces réunions, le Comité va :

• Créer des sondages pour recenser les besoins des membres du laboratoire
• Planifier des actions de formations
• Créer des animations autour de la bio-informatique

Les comptes rendus des réunions du Comité est disponible en ligne

Comité de pilotage

Un Comité de pilotage, composé des chefs d’équipe, est chargé de l’évaluation et de l’attribution des projets bio-informatiques portés par des membres du laboratoire.

Ces projets sont ensuite pris en charge par les membres du Hub Biocomputing.

La liste de ces projets est disponible en ligne

Publications du Hub Biocomputing