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documentation:tools:software:braker [2018/02/20 10:46] – [BRAKER] cpetitdocumentation:tools:software:braker [2025/03/12 14:17] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== BRAKER ====== 
- 
-  * Unsupervised RNA-Seq-based genome annotation 
- 
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
-|  2.0.3  |  N/A  |  N/A  |  ''/applis/PSMN/generic/BRAKER/2.0.3/bin''  |  Generic  | 
-| | **modulefile** : BRAKER/2.0.3  |||| 
- 
- 
- 
- 
- 
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
- 
- 
-==== Usage on PSMN ==== 
- 
-Braker needs additionals PERL modules installable from CPAN (see [[documentation:tools:langages:perl5|Perl5]] for CPAN installation/configuration ): 
- 
-<code perl> 
-cpan 
-> install File::Spec::Functions 
-> install Hash::Merge 
-> install List::Util 
-> install Logger::Simple 
-> install Module::Load::Conditional 
-> install Sub::Uplevel 
-> install Parallel::ForkManager 
-> install Scalar::Util::Numeric 
-#> install YAML (core module) 
-#> install POSIX (core module) 
-</code> 
- 
-See also [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]] for additional configuration of ''--AUGUSTUS_CONFIG_PATH'' variable. 
- 
- 
-==== General usage ==== 
- 
-[[documentation:tools:software:augustus|AUGUSTUS]] and [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark-ET]]  are required for BRAKER. 
- 
- 
- 
-===== Site officiel ===== 
- 
-  * http://exon.gatech.edu/braker1.html 
-  * http://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/braker/index.html 
documentation/tools/software/braker.1519123577.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)