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documentation:tools:software:gatk [2020/06/17 09:00] – add GATK 3.8-1 ltaulelldocumentation:tools:software:gatk [2025/03/12 15:01] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== 
  
-This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping. 
- 
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
-|  4.1.7.0  |  java/R/Python  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/4.1.7.0  |  generic  | 
-| | **modulefile** : GATK/4.1.7.0  |||| 
-|  3.8-1  |  java  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.8-1/  |  generic  | 
-| | **modulefile** : GATK/3.8-1  |||| 
-|  3.6  |  java  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/  |  generic  | 
-| | **modulefile** : GATK/3.6  |||| 
-|  3.4-46  | java    N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/  |  generic  | 
-| | **modulefile** : GATK/3.4-46  |||| 
- 
- 
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
- 
-Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...). 
- 
-Usage : 
- 
-''$GATKHOME'' est une variable d'environnement exposée par le modulefile ''GATK/<version>''. 
- 
-  * Version(s) 4 : 
- 
-Le wrapper python2 est directement disponible dans le ''$PATH''. 
- 
-<code bash> 
-gatk --version/--help 
-</code> 
- 
-  * Version(s) 3 : 
- 
-<code bash> 
-java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help 
-</code> 
- 
-===== Site officiel ===== 
- 
-  * https://www.broadinstitute.org/gatk/ 
documentation/tools/software/gatk.1592384429.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)