GATK / Genome Analysis Toolkit

This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping.

Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS java/R/Python N/A /applis/PSMN/generic/GATK/ generic
modulefile : GATK/
3.8-1 java N/A /applis/PSMN/generic/GATK/3.8-1/ generic
modulefile : GATK/3.8-1
3.6 java N/A /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/ generic
modulefile : GATK/3.6
3.4-46 java N/A /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/ generic
modulefile : GATK/3.4-46

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, …).

Usage :

$GATKHOME est une variable d'environnement exposée par le modulefile GATK/<version>.

  • Version(s) 4 :

Le wrapper python2 est directement disponible dans le $PATH.

gatk --version/--help
  • Version(s) 3 :
java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help

Site officiel

documentation/tools/software/gatk.txt · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)