Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tools:software:gatk [2020/06/17 09:01] – add bold ltaulell | documentation:tools:software:gatk [2025/03/12 15:01] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== | ||
| - | This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping. | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 4.1.7.0 | ||
| - | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| - | | 3.8-1 | java | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| - | | 3.6 | java | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| - | | 3.4-46 | ||
| - | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| - | |||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| - | |||
| - | Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...). | ||
| - | |||
| - | Usage : | ||
| - | |||
| - | '' | ||
| - | |||
| - | * **Version(s) 4** : | ||
| - | |||
| - | Le wrapper python2 est directement disponible dans le '' | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | gatk --version/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | * **Version(s) 3** : | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | java -jar $GATKHOME/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ===== Site officiel ===== | ||
| - | |||
| - | * https:// | ||