Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tools:software:trinity [2018/10/12 07:47] – [Trinity] cpetit | documentation:tools:software:trinity [2025/05/07 13:00] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== Trinity ====== | ||
| - | |||
| - | * assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data. | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 2.6.6 | GCC/ | ||
| - | | | **modulefile** : Trinity/ | ||
| - | | 2.5.1 | GCC/6.4.0 - OpenMPI/ | ||
| - | | | **modulefile** : Trinity/ | ||
| - | | 2.2.0 | gcc-6.3.0 | ||
| - | | | **modulefile** : aucun |||| | ||
| - | |||
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| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
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| - | <note warning> | ||
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| - | ===== Exemple de script de soumission ===== | ||
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| - | '' | ||
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| - | <code bash trinity-sub.sh> | ||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | ### variables SGE | ||
| - | HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR | ||
| - | ### shell du job: | ||
| - | #$ -S /bin/bash | ||
| - | ### nom du job: | ||
| - | #$ -N trinity | ||
| - | ### file d' | ||
| - | #$ -q E5-2670deb128bio | ||
| - | ### parallel environnement & nslots | ||
| - | #$ -pe openmp16 16 | ||
| - | ### charger l' | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | ### exporte les variables d' | ||
| - | #$ -V | ||
| - | |||
| - | ### Modulefiles | ||
| - | source / | ||
| - | module use / | ||
| - | module load Base/psmn | ||
| - | module load Trinity/ | ||
| - | # | ||
| - | |||
| - | ### sinon SGE travaille dans ~/ | ||
| - | cd ${HOMEDIR} | ||
| - | |||
| - | ### def scratchdir for trinity workdir and output | ||
| - | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | ||
| - | mkdir -p $SCRATCHDIR | ||
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| - | # *exemple* ! ajustez en fonction des besoins | ||
| - | |||
| - | Trinity --JM 60G --CPU 14 --seqType fq --left genome_f.fastq --right genome_r.fastq --output ${SCRATCHDIR} --path_reinforcement_distance 50 | ||
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| - | # | ||
| - | </ | ||
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| - | ===== Site officiel ===== | ||
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| - | * https:// | ||
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| - | ===== Config Trinity PSMN ===== | ||
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| - | Le code OpenMPI est désactivé. Seule la version séquentielle/" | ||
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| - | Options mémoire et CPU : | ||
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| - | * Queues E5-2670 | ||
| - | * -JM, -sort_buffer_size => 85% de la ram, pas plus (64G-> | ||
| - | * -cpu => 16 CPU, **OK**. | ||
| - | |||
| - | C'est cpubound, le temps d'exec est le même entre nodes 64G, 128G et 256G | ||
| - | |||
| - | * Queues x5570/x5650 | ||
| - | * -JM, -sort_buffer_size => 85% de la ram (24G-> | ||
| - | * -cpu => 8 CPU, **OK**. | ||
| - | |||
| - | C'est 50% moins rapide que sur E5-2670 | ||
| - | |||
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| - | ===== Doc admin-sys PSMN ===== | ||
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| - | Trinity doit être buildé là où il sera installé/ | ||
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| - | Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins) | ||
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| - | Corriger < | ||
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| - | < | ||
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| - | < | ||
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