Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS |
---|---|---|---|---|
2.14.0 | foss-2021b | N/A | N/A | Debian 11 |
modulefile : Trinity/2.14.0-foss-2021b-Python-3.9.6 | ||||
2.6.6 | GCC/6.3.0 | N/A | /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.6.6 | Debian 9 |
modulefile : Trinity/2.6.6 | ||||
2.5.1 | GCC/6.4.0 - OpenMPI/3.0.0 | N/A | /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.5.1 | Debian 9 |
modulefile : Trinity/2.5.1 | ||||
2.2.0 | gcc-6.3.0 | N/A | /usr/bin | Debian 9 |
modulefile : aucun |
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
chrysalis/Component_bins
(ou CBin_*
) qui surchargent /home
et /scratch
qsub -m e -m b trinity-sub.sh
#!/bin/bash ### variables SGE HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR ### shell du job: #$ -S /bin/bash ### nom du job: #$ -N trinity ### file d'attente: #$ -q E5-2670deb128bio ### parallel environnement & nslots #$ -pe openmp16 16 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution #$ -V ### Modulefiles source /usr/share/lmod/lmod/init/bash module load Trinity/2.5.1 # ### sinon SGE travaille dans ~/ cd ${HOMEDIR} ### def scratchdir for trinity workdir and output SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch} mkdir -p $SCRATCHDIR # *exemple* ! ajustez en fonction des besoins Trinity --JM 60G --CPU 14 --seqType fq --left genome_f.fastq --right genome_r.fastq --output ${SCRATCHDIR} --path_reinforcement_distance 50 #
Le code OpenMPI est désactivé. Seule la version séquentielle/“openmp” a été buildée (ie: mononoeud, SGE -pe openmp
).
Options mémoire et CPU :
C'est cpubound, le temps d'exec est le même entre nodes 64G, 128G et 256G
C'est 50% moins rapide que sur E5-2670
Trinity doit être buildé là où il sera installé/utilisé (pas de notion de –prefix, pas d'install, chemins en dur lors du build).
Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins)
Corriger
tar --no-same-owner
dans le Makefile des plugins.
make all && make plugins
jellyfish, voir rush (r20140717).