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Version | Compilateur | Interconnexion | chemin d'accès | OS | modèle de configuration |
---|---|---|---|---|---|
4.6.36 | gcc 4.6 | Infiniband | /softs/Debian7/VASP/4.6.36/standard/vasp.4.6/ | Debian 7 | N/A |
5.3.3 | gcc 4.6 | Infiniband | /softs/Debian7/VASP/5.3.3/standard/vasp.5.3/ | Debian 7 | N/A |
qsub parexemple.sh
#!/bin/bash ### shell du job: #$ -S /bin/bash ### nom du job: #$ -N BN_opt ### files d'attente: #$ -q E5-2670deb64A,E5-2670deb64B,E5-2670deb64C,E5-2670deb64D,E5-2670deb64E ### parallel environnement & nslots #$ -pe mpi16_debian 16 ### charge l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution #$ -V HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR ### mettre l'env au propre source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh source /usr/local/modeles/sge.sh source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.sh SCRATCHDIR=`echo $HOMEDIR | awk -F "/" '{$2="scratch"; for(j=2;j<=NF;j++) {printf("/%s",$j);} print ""} ' ` ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one. SCRATCHSERV="e5-2670comp4" echo "SCRATCHDIR=$SCRATCHDIR" VASPDIR="/home/vasp/VASP_2013/bin" VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX LOGIN=<login> PREFIX=/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 MPIRUN=$PREFIX/bin/mpirun HOSTFILE=$TMPDIR/machines ### hostfile SGE si repartition sur plusieurs noeuds /bin/cat $HOSTFILE >> $HOMEDIR/tmp /bin/rm -f $HOMEDIR/Master Master="`/usr/bin/head -1 $HOSTFILE`" /bin/echo $Master >> $HOMEDIR/Master ### creation du repertoire de travail dans le /scratch ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} << EOF if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]] then /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR} fi EOF ### avant les copies cd $HOMEDIR ### copie des fichiers sources dans le /scratch SOURCES="POSCAR KPOINTS POTCAR INCAR" for FICHIER in $SOURCES do scp ${HOMEDIR}/${FICHIER} ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} done ### nettoyage d'eventuels fichiers resultat intermédiaire indesirable BADSOURCES="WAVECAR CHGCAR CHG" for FICHIER in $BADSOURCES do ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}" done ### run cd ${SCRATCHDIR} $MPIRUN -prefix $PREFIX -mca btl sm,openib,self -hostfile $HOSTFILE -np $NSLOTS ${SCRATCHDIR}/${VASPEXEC} > ${SCRATCHDIR}/out ### recuperation des resultats a la fin du calcul RESULTS="out OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR NEWMODECAR DIMCAR" for FICHIER in $RESULTS do scp ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} ${HOMEDIR}/${FICHIER} done ###
mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
orted: error while loading shared libraries: libirng.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Vérifier le ~/.cshrc
ET l'env du vasp.j
⇒ il faut qu'ils correspondent.