Accès réservé aux utilisateurs autorisés
VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans /Xnfs/chimie/vasp/executables/
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Un script régulièrement mis à jour est disponible dans /Xnfs/chimie/vasp/executables/
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qsub parexemple.sh
#!/bin/bash ### shell du job: #$ -S /bin/bash ### nom du job: #$ -N BN_opt ### files d'attente: #$ -q E5-2670deb64A,E5-2670deb64B,E5-2670deb64C,E5-2670deb64D,E5-2670deb64E ### parallel environnement & nslots #$ -pe mpi16_debian 16 ### charge l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution #$ -V HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch} ### mettre l'env au propre ### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one. SCRATCHSERV="e5-2670comp4" echo "SCRATCHDIR=$SCRATCHDIR" VASPDIR="/home/vasp/VASP_2013/bin" VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX LOGIN=<login> PREFIX=/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 MPIRUN=$PREFIX/bin/mpirun HOSTFILE=$TMPDIR/machines ### hostfile SGE si repartition sur plusieurs noeuds /bin/cat $HOSTFILE >> $HOMEDIR/tmp /bin/rm -f $HOMEDIR/Master Master="`/usr/bin/head -1 $HOSTFILE`" /bin/echo $Master >> $HOMEDIR/Master ### creation du repertoire de travail dans le /scratch ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} << EOF if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]] then /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR} fi EOF ### avant les copies cd $HOMEDIR ### copie des fichiers sources dans le /scratch SOURCES="POSCAR KPOINTS POTCAR INCAR" for FICHIER in $SOURCES do scp ${HOMEDIR}/${FICHIER} ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} done ### nettoyage d'eventuels fichiers resultat intermédiaire indesirable BADSOURCES="WAVECAR CHGCAR CHG" for FICHIER in $BADSOURCES do ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}" done # Variables pour MPI #export OMP_NUM_THREADS=1 #export MKL_NUM_THREADS=1 ### run cd ${SCRATCHDIR} $MPIRUN -prefix $PREFIX -mca btl sm,openib,self -hostfile $HOSTFILE -np $NSLOTS ${SCRATCHDIR}/${VASPEXEC} > ${SCRATCHDIR}/out ### recuperation des resultats a la fin du calcul RESULTS="out OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR NEWMODECAR DIMCAR" for FICHIER in $RESULTS do scp ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} ${HOMEDIR}/${FICHIER} done ###
cannot open shared object file
mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
orted: error while loading shared libraries: libirng.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Vérifier le ~/.cshrc
/~/.bashrc
ET l'env du vasp.j
⇒ il faut qu'ils correspondent.
mpirun process exited on signal 10
mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1).
Signal 10 = Walltime atteint
Le job a été lancé sur une file d'attente courte.