documentation:examples:tutorials_scripts

Différences

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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 13:04] – [Script de soumission tcsh] ltaulelldocumentation:examples:tutorials_scripts [2023/01/13 09:39] (Version actuelle) – supprimée ccalugar
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- 
-====== Exemples de scripts (soumission, exécution) ====== 
- 
-L'ensemble de ces scripts accompagne [[documentation:tutorials:build:accueil|les tutoriaux sur la compilation et l'exécution]]. 
- 
-<note warning> 
-Ces scripts sont donnés à titre d'exemple, merci de les modifier selon vos besoins. \\ 
-(les erreurs dans les scripts sont **intentionnelles**, afin d'éviter les copier-coller hatifs) 
-</note> 
-===== Langage Fortran, Séquentiel ===== 
- 
-==== Script de soumission tcsh ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.csh</code> 
- 
-<code bash batch.csh> 
-#!/bin/tcsh 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/tcsh 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-module load intel/14.0.1 
- 
-### execution du programme 
-###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel 
-###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat 
-./SommeVecVecSEQ.f90.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-==== Script de soumission bash ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.sh</code> 
- 
-<code bash batch.sh> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/bash 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-module load intel/14.0.1 
- 
-### execution du programme 
-##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel 
-##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat 
-./SommeVecVecSEQ.f90.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-===== Langage Fortran, parallèle ===== 
- 
-==== Script de soumission tcsh parallèle ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.csh</code> 
- 
-<code bash batch.csh> 
-#!/bin/tcsh 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/tcsh 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N test_par 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) 
-#$ -pe test_debian 2 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# donné par le système de batch 
-set HOSTFILE=$TMPDIR/machines 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-#module load intel/14.0.1 
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 
- 
-### au besoin, forcer l'env OpenMPI 
-#set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" 
-#set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun 
- 
- 
-### execution du programme 
-##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe 
-mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
- 
-<code bash batch.csh> 
-#!/bin/tcsh 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/tcsh 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N test_par 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) 
-#$ -pe test_debian 2 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# donné par le système de batch 
-set HOSTFILE=$TMPDIR/machines 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh 
-  
-set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" 
-set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun 
- 
-### execution du programme 
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe 
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-==== Script de soumission bash parallèle ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.sh</code> 
- 
-<code bash batch.sh> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/bash 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N test_par 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) 
-#$ -pe test_debian 2 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# donné par le système de batch 
-HOSTFILE=$TMPDIR/machines 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-#module load intel/14.0.1 
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 
- 
-### au besoin, forcer l'env OpenMPI 
-#PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" 
-#MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun" 
- 
-### execution du programme 
-##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe 
-mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
- 
-===== Langage C, Séquentiel ===== 
- 
-==== Script de soumission tcsh ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.csh</code> 
- 
-<code bash batch.csh> 
-#!/bin/tcsh 
-# 
-### variables SGE 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/tcsh 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-module load intel/14.0.1 
- 
-### execution du programme 
-###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel 
-###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat 
-./SommeVecVecSEQ.c.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-==== Script de soumission bash ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.sh</code> 
- 
-<code bash batch.sh> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-# 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/bash 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N SommeVecVecSEQ 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-module load intel/14.0.1 
- 
-### execution du programme 
-##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel 
-##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat 
-./SommeVecVecSEQ.c.exe  
-# fin 
-</code> 
- 
-===== Langage C, parallèle ==== 
- 
-==== Script de soumission tcsh parallèle ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.csh</code> 
- 
-<code bash batch.csh> 
-#!/bin/tcsh 
-# 
-### variables SGE 
-# 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/tcsh 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N test_par 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) 
-#$ -pe test_debian 2 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# donné par le système de batch 
-set HOSTFILE=$TMPDIR/machines 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-#module load intel/14.0.1 
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 
- 
-### au besoin, forcer l'env OpenMPI 
-#set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" 
-#set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun 
- 
- 
-### execution du programme 
-##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe 
-mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
- 
-==== Script de soumission bash parallèle ==== 
- 
-<code bash> qsub batch.sh</code> 
- 
-<code bash batch.sh> 
-#!/bin/bash 
-# 
-### variables SGE 
-# 
-### shell du job 
-#$ -S /bin/bash 
-### nom du job (a changer) 
-#$ -N test_par 
-### file d'attente (a changer) 
-#$ -q E5-2670_test 
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) 
-#$ -pe test_debian 2 
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE 
-#$ -cwd 
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution 
-#$ -V 
-### mails en debut et fin d'execution 
-#$ -m be 
- 
-# donné par le système de batch 
-HOSTFILE=$TMPDIR/machines 
- 
-# aller dans le repertoire de travail/soumission 
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ 
-cd ${SGE_O_WORKDIR} 
- 
-### configurer l'environnement 
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-#module load intel/14.0.1 
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 
- 
-### au besoin, forcer l'env OpenMPI 
-#PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" 
-#MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun" 
- 
-### execution du programme 
-##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe 
-mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe 
- 
-# fin 
-</code> 
  
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