Exemples de scripts (soumission, exécution)

L'ensemble de ces scripts accompagne les tutoriaux sur la compilation et l'exécution.

Ces scripts sont donnés à titre d'exemple, merci de les modifier selon vos besoins.
(les erreurs dans les scripts sont intentionnelles, afin d'éviter les copier-coller hatifs)

Langage Fortran, Séquentiel

Script de soumission tcsh

 qsub batch.csh
batch.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/tcsh
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
module load intel/14.0.1
 
### execution du programme
##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel
##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat
./SommeVecVecSEQ.f90.exe
 
# fin

Script de soumission bash

 qsub batch.sh
batch.sh
#!/bin/bash
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/bash
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
module load intel/14.0.1
 
### execution du programme
##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel
##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
./SommeVecVecSEQ.f90.exe
 
# fin

Langage Fortran, parallèle

Script de soumission tcsh parallèle

 qsub batch.csh
batch.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N test_par
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# donné par le système de batch
set HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/tcsh
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
#module load intel/14.0.1
module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
#set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"
#set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun
 
 
### execution du programme
###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
 
# fin
  • variante, usage des modeles (deprecated)
batch.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N test_par
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# donné par le système de batch
set HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh
source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh
 
set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"
set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun
 
### execution du programme
set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
 
# fin

Script de soumission bash parallèle

 qsub batch.sh
batch.sh
#!/bin/bash
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N test_par
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# donné par le système de batch
HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/bash
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
#module load intel/14.0.1
module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
#PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"
#MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun"
 
### execution du programme
###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
 
# fin

Langage C, Séquentiel

Script de soumission tcsh

 qsub batch.csh
batch.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/tcsh
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
module load intel/14.0.1
 
### execution du programme
##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel
##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat
./SommeVecVecSEQ.c.exe
 
# fin

Script de soumission bash

 qsub batch.sh
batch.sh
#!/bin/bash
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecSEQ
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/bash
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
module load intel/14.0.1
 
### execution du programme
##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel
##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
./SommeVecVecSEQ.c.exe
 
# fin

Langage C, parallèle

Script de soumission tcsh parallèle

 qsub batch.csh
batch.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
#
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N test_par
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# donné par le système de batch
set HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/tcsh
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
#module load intel/14.0.1
module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
#set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"
#set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun
 
 
### execution du programme
##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
 
# fin

Script de soumission bash parallèle

 qsub batch.sh
batch.sh
#!/bin/bash
#
### variables SGE
#
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N test_par
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2670_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
 
# donné par le système de batch
HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/bash
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
#module load intel/14.0.1
module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
#PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"
#MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun"
 
### execution du programme
##EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
 
# fin
documentation/examples/tutorials_scripts.txt · Dernière modification: 2015/02/23 15:28 par cicaluga