
<note warning>**en cours d'évaluation**</note>

====== Canu ======

  * a fork of the [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera Assembler]] designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RSII or Oxford Nanopore MinION).

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  1.4  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64  |  Generic  |
| | **modulefile** : Canu/1.4  ||||

Pour utiliser les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

<note important>Les jobs Canu doivent **impérativement** être soumis à la file d'attente ''celera'' et utiliser le [[documentation:tutorials:scratch|scratch global]] E5N</note>

  * canu.defaults "system-wide"

<code>
maxMemory = 250
maxThreads = 16
useGrid = remote
gridEngine = sge
gridEngineArrayMaxJobs = 7500
gridEngineThreadsOption = -pe openmp16 THREADS
gridEngineMemoryOption = -l h_vmem=MEMORY
</code>


==== Doc Admin-sys PSMN ====

Canu est un fork de [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera WGS]].

  * https://github.com/marbl/canu
  * http://canu.readthedocs.io/en/stable/index.html