en cours d'évaluation

Canu

  • a fork of the Celera Assembler designed for high-noise single-molecule sequencing (such as the PacBio RSII or Oxford Nanopore MinION).
Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
1.4 N/A N/A /applis/PSMN/generic/Canu/1.4/Linux-amd64 Generic
modulefile : Canu/1.4

Pour utiliser les modulefiles, consulter Environment Modules

Les jobs Canu doivent impérativement être soumis à la file d'attente celera et utiliser le scratch global E5N
  • canu.defaults “system-wide”
maxMemory = 250
maxThreads = 16
useGrid = remote
gridEngine = sge
gridEngineArrayMaxJobs = 7500
gridEngineThreadsOption = -pe openmp16 THREADS
gridEngineMemoryOption = -l h_vmem=MEMORY

Doc Admin-sys PSMN

documentation/tools/software/canu.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)