Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 14:05]
ltaulell [Script de soumission tcsh]
documentation:examples:tutorials_scripts [2018/03/15 14:12]
ltaulell
Ligne 29: Ligne 29:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 36: Ligne 37:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /​usr/​share/​modules/init/tcsh +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 69: Ligne 66:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 76: Ligne 74:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /​usr/​share/​modules/init/bash +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 93: Ligne 87:
  
 ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== ==== Script de soumission tcsh parallèle ====
 +
 +
 +<note warning>​FIXME update needed</​note>​
 +
  
 <code bash> qsub batch.csh</​code>​ <code bash> qsub batch.csh</​code>​
Ligne 113: Ligne 111:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 123: Ligne 122:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /​usr/​share/​modules/init/tcsh +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 136: Ligne 130:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
  
Ligne 142: Ligne 138:
 </​code>​ </​code>​
  
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
  
-<​code ​bash batch.csh>​ +==== Script de soumission ​bash parallèle ====
-#​!/​bin/​tcsh +
-+
-### variables SGE +
-### shell du job +
-#$ -S /bin/tcsh +
-### nom du job (a changer) +
-#$ -N test_par +
-### file d'​attente (a changer) +
-#$ -q E5-2670_test +
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) +
-#$ -pe test_debian 2 +
-### charger l'​environnement utilisateur pour SGE +
-#$ -cwd +
-### exporter les variables d'​environnement sur tous les noeuds d'​execution +
-#$ -V +
-### mails en debut et fin d'​execution +
-#$ -m be+
  
-# donné par le système de batch +<note warning>​FIXME update needed</note>
-set HOSTFILE=$TMPDIR/​machines +
- +
-# aller dans le repertoire de travail/​soumission +
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ +
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +
- +
-### configurer l'​environnement +
-source /​usr/​local/​modeles/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh +
-  +
-set PREFIX="/​softs/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"​ +
-set MPIRUN=${PREFIX}/​bin/​mpirun +
- +
-### execution du programme +
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe +
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe +
- +
-# fin +
-</code> +
- +
-==== Script de soumission bash parallèle ====+
  
 <code bash> qsub batch.sh</​code>​ <code bash> qsub batch.sh</​code>​
Ligne 204: Ligne 162:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 214: Ligne 173:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /​usr/​share/​modules/init/bash +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 226: Ligne 180:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
  
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
- 
  
 ===== Langage C, Séquentiel ===== ===== Langage C, Séquentiel =====
Ligne 254: Ligne 209:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 261: Ligne 217:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /​usr/​share/​modules/init/tcsh +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
-###set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Sequentiel +##set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Sequentiel 
-###​${EXECDIR}/​SommeVecVecSEQ.c.exe ​ < Monfichierdedata > monfichierresultat+##​${EXECDIR}/​SommeVecVecSEQ.c.exe ​ < Monfichierdedata > monfichierresultat
 ./​SommeVecVecSEQ.c.exe ./​SommeVecVecSEQ.c.exe
  
Ligne 283: Ligne 235:
 # #
 ### variables SGE ### variables SGE
-# 
 ### shell du job ### shell du job
 #$ -S /bin/bash #$ -S /bin/bash
Ligne 295: Ligne 246:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 302: Ligne 254:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /​usr/​share/​modules/init/bash +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 ##​EXECDIR=${HOME}/​Formation/​Sequentiel ##​EXECDIR=${HOME}/​Formation/​Sequentiel
 ##​${EXECDIR}/​SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ##​${EXECDIR}/​SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
-./​SommeVecVecSEQ.c.exe ​+./​SommeVecVecSEQ.c.exe 
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
Ligne 339: Ligne 288:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 349: Ligne 299:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /​usr/​share/​modules/init/tcsh +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 362: Ligne 307:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +##set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe
  
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
- 
 ==== Script de soumission bash parallèle ==== ==== Script de soumission bash parallèle ====
  
Ligne 390: Ligne 336:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 400: Ligne 347:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /​usr/​share/​modules/init/bash +
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 412: Ligne 354:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +##​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 +##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe
  
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
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documentation/examples/tutorials_scripts.txt · Dernière modification: 2018/03/15 14:12 par ltaulell