Différences

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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 15:23]
cicaluga [Script de soumission bash parallèle]
documentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 16:16]
ltaulell
Ligne 29: Ligne 29:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 36: Ligne 37:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 68: Ligne 66:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 75: Ligne 74:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 91: Ligne 87:
  
 ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== ==== Script de soumission tcsh parallèle ====
 +
 +
 +<note warning>​FIXME update needed</​note>​
 +
  
 <code bash> qsub batch.csh</​code>​ <code bash> qsub batch.csh</​code>​
Ligne 111: Ligne 111:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 121: Ligne 122:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 133: Ligne 130:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
Ligne 139: Ligne 137:
 </​code>​ </​code>​
  
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
  
-<​code ​bash batch.csh>​ +==== Script de soumission ​bash parallèle ====
-#​!/​bin/​tcsh +
-+
-### variables SGE +
-### shell du job +
-#$ -S /bin/tcsh +
-### nom du job (a changer) +
-#$ -N test_par +
-### file d'​attente (a changer) +
-#$ -q E5-2670_test +
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) +
-#$ -pe test_debian 2 +
-### charger l'​environnement utilisateur pour SGE +
-#$ -cwd +
-### exporter les variables d'​environnement sur tous les noeuds d'​execution +
-#$ -V +
-### mails en debut et fin d'​execution +
-#$ -m be+
  
-# donné par le système de batch +<note warning>​FIXME update needed</note>
-set HOSTFILE=$TMPDIR/​machines +
- +
-# aller dans le repertoire de travail/​soumission +
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ +
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +
- +
-### configurer l'​environnement +
-source /​usr/​local/​modeles/​set_debian7-clean.sh +
-source /​usr/​local/​modeles/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh +
-  +
-set PREFIX="/​softs/​openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7"​ +
-set MPIRUN=${PREFIX}/​bin/​mpirun +
- +
-### execution du programme +
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe +
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe +
- +
-# fin +
-</code> +
- +
-==== Script de soumission bash parallèle ====+
  
 <code bash> qsub batch.sh</​code>​ <code bash> qsub batch.sh</​code>​
Ligne 202: Ligne 161:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 212: Ligne 172:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 223: Ligne 179:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###​EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.f90.exe
Ligne 228: Ligne 185:
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
- 
  
 ===== Langage C, Séquentiel ===== ===== Langage C, Séquentiel =====
Ligne 251: Ligne 207:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 258: Ligne 215:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 290: Ligne 244:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/​soumission # aller dans le repertoire de travail/​soumission
Ligne 297: Ligne 252:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/​14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 334: Ligne 286:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 344: Ligne 297:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/tcsh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 356: Ligne 305:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +##set EXECDIR=${HOME}/​Formations/​Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,​openib,​self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/​SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./​SommeVecVecPAR.c.exe
Ligne 361: Ligne 311:
 # fin # fin
 </​code>​ </​code>​
- 
 ==== Script de soumission bash parallèle ==== ==== Script de soumission bash parallèle ====
  
Ligne 384: Ligne 333:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'​execution ### mails en debut et fin d'​execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 394: Ligne 344:
  
 ### configurer l'​environnement ### configurer l'​environnement
-source /usr/share/modules/init/bash +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-module use /​applis/​PSMN/​Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/​14.0.1 +
-module load openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
documentation/examples/tutorials_scripts.txt · Dernière modification: 2018/03/15 14:12 par ltaulell