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L'ensemble de ces scripts accompagne les tutoriaux sur la compilation et l'exécution.
qsub batch.csh
#!/bin/tcsh # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1 ### execution du programme ###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel ###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ./SommeVecVecSEQ.f90.exe # fin
qsub batch.sh
#!/bin/bash # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1 ### execution du programme ##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel ##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ./SommeVecVecSEQ.f90.exe # fin
qsub batch.csh
#!/bin/tcsh # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N test_par ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch set HOSTFILE=$TMPDIR/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn #module load intel/14.0.1 module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI #set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" #set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun ### execution du programme ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe # fin
#!/bin/tcsh # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N test_par ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch set HOSTFILE=$TMPDIR/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun ### execution du programme ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe # fin
qsub batch.sh
#!/bin/bash # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N test_par ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch HOSTFILE=$TMPDIR/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn #module load intel/14.0.1 module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI #PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" #MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun" ### execution du programme ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe # fin
qsub batch.csh
#!/bin/tcsh # ### variables SGE # ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1 ### execution du programme ###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel ###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ./SommeVecVecSEQ.c.exe # fin
qsub batch.sh
#!/bin/bash # ### variables SGE # ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1 ### execution du programme ##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel ##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ./SommeVecVecSEQ.c.exe # fin
qsub batch.csh
#!/bin/tcsh # ### variables SGE # ### shell du job #$ -S /bin/tcsh ### nom du job (a changer) #$ -N test_par ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch set HOSTFILE=$TMPDIR/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn #module load intel/14.0.1 module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI #set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" #set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun ### execution du programme ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe # fin
qsub batch.sh
#!/bin/bash # ### variables SGE # ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N test_par ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) #$ -pe test_debian 2 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # donné par le système de batch HOSTFILE=$TMPDIR/machines # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn #module load intel/14.0.1 module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI #PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" #MPIRUN="$PREFIX/bin/mpirun" ### execution du programme ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe # fin