Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 13:04] – [Script de soumission tcsh] ltaulell | documentation:examples:tutorials_scripts [2023/01/13 09:39] (Version actuelle) – supprimée ccalugar | ||
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- | |||
- | ====== Exemples de scripts (soumission, | ||
- | |||
- | L' | ||
- | |||
- | <note warning> | ||
- | Ces scripts sont donnés à titre d' | ||
- | (les erreurs dans les scripts sont **intentionnelles**, | ||
- | </ | ||
- | ===== Langage Fortran, Séquentiel ===== | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission tcsh ==== | ||
- | |||
- | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | module load intel/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
- | ### | ||
- | ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission bash ==== | ||
- | |||
- | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.sh> | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | module load intel/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ## | ||
- | ## | ||
- | ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ===== Langage Fortran, parallèle ===== | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
- | |||
- | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N test_par | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | #module load intel/ | ||
- | module load openmpi/ | ||
- | |||
- | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
- | #set PREFIX="/ | ||
- | #set MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
- | |||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
- | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * variante, usage des modeles (deprecated) | ||
- | |||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N test_par | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | |||
- | set PREFIX="/ | ||
- | set MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
- | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
- | |||
- | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.sh> | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N test_par | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | #module load intel/ | ||
- | module load openmpi/ | ||
- | |||
- | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
- | # | ||
- | # | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
- | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Langage C, Séquentiel ===== | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission tcsh ==== | ||
- | |||
- | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
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- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | module load intel/ | ||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ###set EXECDIR=${HOME}/ | ||
- | ### | ||
- | ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission bash ==== | ||
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- | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
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- | <code bash batch.sh> | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | # | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
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- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
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- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | module load intel/ | ||
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- | ### execution du programme | ||
- | ## | ||
- | ## | ||
- | ./ | ||
- | # fin | ||
- | </ | ||
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- | ===== Langage C, parallèle ==== | ||
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- | ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== | ||
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- | <code bash> qsub batch.csh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.csh> | ||
- | #!/bin/tcsh | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | # | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/tcsh | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
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- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
- | #$ -pe test_debian 2 | ||
- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
- | |||
- | # donné par le système de batch | ||
- | set HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
- | |||
- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
- | |||
- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | #module load intel/ | ||
- | module load openmpi/ | ||
- | |||
- | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
- | #set PREFIX="/ | ||
- | #set MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
- | |||
- | |||
- | ### execution du programme | ||
- | ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
- | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
- | |||
- | # fin | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== Script de soumission bash parallèle ==== | ||
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- | <code bash> qsub batch.sh</ | ||
- | |||
- | <code bash batch.sh> | ||
- | #!/bin/bash | ||
- | # | ||
- | ### variables SGE | ||
- | # | ||
- | ### shell du job | ||
- | #$ -S /bin/bash | ||
- | ### nom du job (a changer) | ||
- | #$ -N test_par | ||
- | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | ||
- | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
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- | ### charger l' | ||
- | #$ -cwd | ||
- | ### exporter les variables d' | ||
- | #$ -V | ||
- | ### mails en debut et fin d' | ||
- | #$ -m be | ||
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- | # donné par le système de batch | ||
- | HOSTFILE=$TMPDIR/ | ||
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- | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
- | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
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- | ### configurer l' | ||
- | source / | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
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- | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
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- | ### execution du programme | ||
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- | mpirun -v -np ${NSLOTS} ./ | ||
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