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Perl5

Environnement Debian 7 de base au PSMN, charger le modulefile Base/psmn

Installer des modules supplémentaires CPAN dans le $HOME

Pour installer des modules supplémentaires, vous pouvez utiliser le CPAN (Comprehensive Perl Archive Network).

  • wrapper debian
cpan

La commande originelle qu'on retrouve dans les manuels : perl -MCPAN -e shell

Si le cpan demande à faire une installation automatique, il faut répondre no, puis choisir [INSTALLDIRS=local::lib] et [–install_base=~/perl5].

Ensuite, les réponses par défaut conviennent à la majorité des utilisateurs.

Modifs du ~/.bashrc, en lieu et place de celle du script CPAN :

export PERL5LIB="/etc/perl:/usr/lib/perl5:/usr/share/perl5:/usr/lib/perl/5.14:/usr/share/perl/5.14"
export PERL5LIB="${HOME}/perl5/lib/perl5:${PERL5LIB}"
export PERLLIB=""
 
export PERL_LOCAL_LIB_ROOT="${HOME}/perl5:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}"
export PERL_MB_OPT="--install_base \"${HOME}/perl5\""
export PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=${HOME}/perl5"
export PERL5OPT="-I${HOME}/perl5/lib/perl5 -I${HOME}/perl5/lib/perl5/site_perl"

recharger l'environnement (logout/login ou source ~/.bashrc), puis revenir dans le cpan, et le mettre à jour :

cpan
> install CPAN
> reload cpan

Vous pouvez maintenant installer tous les modules (BioPerl) dont vous avez besoin dans la limite de l'espace disponible de votre $HOME.

Exemple :

cpan
> install BioPerl
> install Parallel::ForkManager
> install YAML

Modifications pour ~/.cshrc (remplacez $HOME par /home/votrelogin)

setenv PERL5LIB "/etc/perl:/usr/lib/perl5:/usr/share/perl5:/usr/lib/perl/5.14:/usr/share/perl/5.14"
setenv PERL5LIB "$HOME/perl5/lib/perl5:${PERL5LIB}"
unsetenv PERLLIB
setenv PERL_LOCAL_LIB_ROOT "$HOME/perl5"
setenv PERL_MB_OPT "--install_base $HOME/perl5"
setenv PERL_MM_OPT "INSTALL_BASE=$HOME/perl5"
setenv PERL5OPT "-I$HOME/perl5/lib/perl5 -I$HOME/perl5/lib/perl5/site_perl"
 

Références

documentation/tools/langages/perl5.1485772446.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)