Python

Python system-wide

Les versions de python du système par défaut (Debian 9) sont Python 2.7.13 et Python 3.5.3. Ces versions sont des versions minimalistes pour lesquelles nous n'avons pas installé de modules supplémentaires.

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Les outils idle(3.5 & 2.7), ipython(3 & 2.7), pip(3 & 2.7), virtualenv et bpython sont installés sur toutes les frontales debian.

Environnement python additionnel

Les modules python supplémentaires, ou mis à jour (par rapport à la version Debian 9 Stable), sont disponibles dans l'environnement additionnel Debian 9 du PSMN. Pour cela, il faut charger le modulefile pour la version de python désirée :

ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/2.7.13/lib/python2.7/site-packages
ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.6.1/lib/python3.6/site-packages
ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.8.3/lib/python3.8/site-packages
Les commandes python2.7 sont toujours présentes, même dans les environnements python3. Il faut donc suffixer vos commandes : python3, idle3, pip3…
Mieux, il est conseillé d'utiliser l'appel de modules :
python3.6 -m pip pour pip3 dans l'environnement Python/3.6.1

Python dans son $HOME

Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, cela est tout à fait possible.

Au besoin, ajoutez aussi l'un des modulefiles Python.

Virtualenv, venv

  • Créer en environnement virtuel de travail
virtualenv --python=<python.version> --system-site-packages <virtualEnvName>
#
# exemple
virtualenv --python=python3.6 --system-site-packages vtest
  • Activer un environnement virtuel de travail
source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$
  • Sortir d'un environnement virtuel de travail
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate
ltaulell@dl175comp:~$

Installer un package (exemple)

  • Installer Scipy dans l'environnement virtuel de travail
source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ pip install -U scipy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed scipy
Cleaning up...

La commande easy_install est aussi disponible.

  • Utiliser Scipy dans l'environnement virtuel de travail
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ python
Python 3.2.3 (default, Feb 20 2013, 14:44:27) 
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import scipy
>>> 

Installer/Upgrader Numpy

  • Ajouter à votre ~/.bashrc
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"
  • Ou à votre ~/.cshrc
set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"
  • Installer Numpy dans l'environnement virtuel de travail
source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ pip install -U numpy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed numpy
Cleaning up...
  • Utiliser Numpy dans l'environnement virtuel de travail
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ python
Python 3.2.3 (default, Feb 20 2013, 14:44:27) 
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 
Avec la lib Atlas de debian, numpy sera multithreadé, il faut donc ajouter export OMP_NUM_THREADS=1 à votre environnement d’exécution pour les programmes séquentiels.

Docs externes

documentation/tools/langages/python/accueil.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)