Les outils idle(3.5 & 2.7), ipython(3 & 2.7), pip(3 & 2.7), virtualenv et bpython sont installés sur toutes les frontales debian.

Des modules python supplémentaires, ou mis à jour (par rapport à la version Debian 9 Stable), sont disponible dans l'environnement additionnel Debian 9 du PSMN. Pour cela, il faut charger le modulefile pour la version de python désirée :

• python2.7 : modulefile Python/2.7.13
  • voir /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/2.7.13/lib/python2.7/site-packages/ pour la liste des modules python ajoutés/mis-à-jour.

• python3.6.1 : modulefile Python/3.6.1
  • voir /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.6.1/lib/python3.6/site-packages/ pour la liste des modules python ajoutés/mis-à-jour.

Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, cela est tout à fait possible.

Au besoin, ajoutez aussi l'un des modulefiles Python.

• Créer en environnement virtuel de travail

virtualenv --python=python3.6 --system-site-packages vtest

• Activer un environnement virtuel de travail

source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$

• Sortir d'un environnement virtuel de travail

(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate
ltaulell@dl175comp:~$

• Installer Scipy dans l'environnement virtuel de travail

source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ pip install -U scipy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed scipy
Cleaning up...

La commande easy_install est aussi disponible.

• Utiliser Scipy dans l'environnement virtuel de travail

(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ python
Python 3.2.3 (default, Feb 20 2013, 14:44:27) 
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import scipy
>>> 

• Ajouter à votre ~/.bashrc

export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"

• Ou à votre ~/.cshrc

set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"

• Installer Numpy dans l'environnement virtuel de travail

source vtest/bin/activate
(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ pip install -U numpy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed numpy
Cleaning up...

• Utiliser Numpy dans l'environnement virtuel de travail

(vtest)ltaulell@dl175comp:~$ python
Python 3.2.3 (default, Feb 20 2013, 14:44:27) 
[GCC 4.7.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 

• https://www.pik-potsdam.de/members/linstead/guides/python-on-the-cluster/installing-your-own-python-modules-on-the-cluster