documentation:tools:langages:python:accueil

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- documentation:tools:langages:python:accueil [2023/01/13 08:32] – [Python system-wide] ltaulell
+++ documentation:tools:langages:python:accueil [2023/03/09 14:27] (Version actuelle) – ltaulell
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 <WRAP center round important 60%>
-**[[https://meso-centres-lyon.pages.in2p3.fr/psmn-rtd/index.html|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**
+**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**
 See also our [[news:blog|Fil des news]] for up-to-date informations
 </WRAP>
-See [[https://meso-centres-lyon.pages.in2p3.fr/psmn-rtd/tutorial/python.html|Python and modules]].
+See [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/tutorial/python.html|Python and modules]].
-===== Environnement python additionnel =====
-Les [[documentation:tools:langages:python:modules|modules python supplémentaires]], ou mis à jour (par rapport à la version Debian 9 Stable), sont disponibles dans l'environnement additionnel Debian 9 du PSMN. Pour cela, il faut **charger** le modulefile pour la version de python désirée :
-  * **Python/2.7.13** : [[documentation:tools:modules|modulefile Python/2.7.13]]
-    * pour la [[documentation:tools:langages:python:modules#Python 2.7.13|liste des modules]] python ajoutés/mis-à-jour :
-<code bash>ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/2.7.13/lib/python2.7/site-packages</code>
-  * **Python/3.6.1** : [[documentation:tools:modules|modulefile Python/3.6.1]]
-    * pour la [[documentation:tools:langages:python:modules#Python 3.6.1|liste des modules]] python ajoutés/mis-à-jour :
-<code bash>ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.6.1/lib/python3.6/site-packages</code>
-  * **Python/3.8.3** : [[documentation:tools:modules|modulefile Python/3.8.3]]
-    * pour la [[documentation:tools:langages:python:modules#Python 3.8.3|liste des modules]] python ajoutés/mis-à-jour :
-<code bash>ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.8.3/lib/python3.8/site-packages</code>
-<note warning>Les commandes **python2.7** sont _toujours présentes_, **même** dans les environnements **python3** et les environnements virtuels.
-Il faut donc **impérativement** suffixer vos commandes : python3, idle3, pip3...\\
-\\
-Mieux, il est conseillé d'utiliser l'appel de modules, par exemple :\\
-\\
-''python3.6 -m pip'' pour ''pip3'' dans l'environnement ''Python/3.6.1''
-</note>
-====== Python dans son $HOME ======
-Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, **cela est tout à fait possible**. De même qu'il est possible de compiler son propre python dans son $HOME.
-Au besoin, ajoutez aussi l'un des [[documentation:tools:modules|modulefiles Python]].
-===== Environnement virtuel : venv =====
-  * Créer en environnement virtuel de travail
-See https://docs.python.org/3.6/library/venv.html for full documentation.
-<code bash>
-module load Python/3.6.1
-mkdir -p ~/tests/py36 && cd ~/tests/py36
-python3.6 -m venv ~/tests/py36
-</code>
-Cet environnement virtuel de travail sera minimal. Vous **devrez** installer ensuite les modules dont vous avez besoin.
-**Seulement** si vous souhaitez utiliser les modules python déjà pré-installés, ajoutez ''--system-site-packages'' lors de la création de l'environnement.
-  * Activer un environnement virtuel de travail
-<code bash>
-source ~/tests/py36/bin/activate
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$
-</code>
-  * Sortir d'un environnement virtuel de travail
-<code bash>
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate
-ltaulell@dl175comp:~$
-</code>
-===== Installer un package (exemple) =====
-  * Installer Scipy dans l'environnement virtuel de travail
-<code bash>
-source ~/tests/py36/bin/activate
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install scipy
-[... lots of logs ...]
-Successfully installed scipy
-Cleaning up...
-</code>
-  * Utiliser Scipy dans l'environnement virtuel de travail
-<code python>
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6
-Python 3.6.1 (default, Jan  8 2018, 14:24:20)
-[GCC 6.4.0] on linux
-Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
->>> import scipy
->>>
-</code>
-===== Installer/Upgrader Numpy (exemple) =====
-  * Ajouter à votre ''~/.bashrc'' (pour Numpy **seulement**)
-<code bash>
-export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"
-</code>
-  * Ou à votre ''~/.cshrc''
-<code bash>
-set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"
-</code>
-  * Installer Numpy dans l'environnement virtuel de travail
-<code bash>
-source ~/tests/py36/bin/activate
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install -U numpy
-[... lots of logs ...]
-Successfully installed numpy
-Cleaning up...
-</code>
-  * Utiliser Numpy dans l'environnement virtuel de travail
-<code python>
-(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3
-Python 3.6.1 (default, Jan  8 2018, 14:24:20)
-[GCC 6.4.0] on linux
-Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
->>> import numpy
->>>
-</code>
-<note important>Avec la lib Atlas de Debian, numpy sera multithreadé, il faut donc ajouter ''export OMP_NUM_THREADS=1'' à votre environnement d'exécution pour les programmes séquentiels.</note>
-===== Installer python dans son $HOME =====
-Téléchargez la version de python qui vous interesse depuis [[https://www.python.org/downloads/source/|python.org]], puis décompactez l'archive. Suivez les étapes d'installation, en précisant ''--prefix'' et ''altinstall''.
-<code bash>
-cd Python-3.9.4/
-./configure --prefix=$HOME/py394
-</code>
-N'utilisez **pas** ''--enable-optimizations'' sauf si vous êtes sur les plus vieilles machines du PSMN (x5570comp1, or x5570comp2, à la date de rédaction de cette documentation).
-<code bash>
-make -j6
-make altinstall
-</code>
-Modifiez votre ''$PATH'', comme il est demandé (dans votre ''~/.bashrc'', ''export PATH="$HOME/py394/bin:$PATH"''). Ce nouveau python est prêt à l'emploi, directement dans votre ''$HOME'', exemple :
-<code bash>
-python3.9 -m pip install argparse pandas
-</code>
-Privilégiez, dans la mesure du possible, l'usage des environnements virtuels (voir plus haut).
-===== Docs externes =====
-  * https://docs.python.org/3/
-  * https://www.pik-potsdam.de/members/linstead/guides/python-on-the-cluster/installing-your-own-python-modules-on-the-cluster

documentation/tools/langages/python/accueil.1673598745.txt.gz · Dernière modification : 2023/01/13 08:32 de ltaulell

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