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New Documentation (Debian 11 / Slurm)
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See Python and modules.
Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, cela est tout à fait possible. De même qu'il est possible de compiler son propre python dans son $HOME.
Au besoin, ajoutez aussi l'un des modulefiles Python.
See https://docs.python.org/3.6/library/venv.html for full documentation.
module load Python/3.6.1 mkdir -p ~/tests/py36 && cd ~/tests/py36 python3.6 -m venv ~/tests/py36
Cet environnement virtuel de travail sera minimal. Vous devrez installer ensuite les modules dont vous avez besoin.
Seulement si vous souhaitez utiliser les modules python déjà pré-installés, ajoutez –system-site-packages
lors de la création de l'environnement.
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate ltaulell@dl175comp:~$
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install scipy [... lots of logs ...] Successfully installed scipy Cleaning up...
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import scipy >>>
~/.bashrc
(pour Numpy seulement)export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"
~/.cshrc
set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install -U numpy [... lots of logs ...] Successfully installed numpy Cleaning up...
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>>
export OMP_NUM_THREADS=1
à votre environnement d'exécution pour les programmes séquentiels.
Téléchargez la version de python qui vous interesse depuis python.org, puis décompactez l'archive. Suivez les étapes d'installation, en précisant –prefix
et altinstall
.
cd Python-3.9.4/ ./configure --prefix=$HOME/py394
N'utilisez pas –enable-optimizations
sauf si vous êtes sur les plus vieilles machines du PSMN (x5570comp1, or x5570comp2, à la date de rédaction de cette documentation).
make -j6 make altinstall
Modifiez votre $PATH
, comme il est demandé (dans votre ~/.bashrc
, export PATH=“$HOME/py394/bin:$PATH”
). Ce nouveau python est prêt à l'emploi, directement dans votre $HOME
, exemple :
python3.9 -m pip install argparse pandas
Privilégiez, dans la mesure du possible, l'usage des environnements virtuels (voir plus haut).