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Python
New Documentation (Debian 11 / Slurm)
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See Python and modules.
Installer un package (exemple)
- Installer Scipy dans l'environnement virtuel de travail
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install scipy [... lots of logs ...] Successfully installed scipy Cleaning up...
- Utiliser Scipy dans l'environnement virtuel de travail
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import scipy >>>
Installer/Upgrader Numpy (exemple)
- Ajouter à votre
~/.bashrc(pour Numpy seulement)
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"
- Ou à votre
~/.cshrc
set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"
- Installer Numpy dans l'environnement virtuel de travail
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install -U numpy [... lots of logs ...] Successfully installed numpy Cleaning up...
- Utiliser Numpy dans l'environnement virtuel de travail
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>>
Avec la lib Atlas de Debian, numpy sera multithreadé, il faut donc ajouter
export OMP_NUM_THREADS=1 à votre environnement d'exécution pour les programmes séquentiels.
Installer python dans son $HOME
Téléchargez la version de python qui vous interesse depuis python.org, puis décompactez l'archive. Suivez les étapes d'installation, en précisant –prefix et altinstall.
cd Python-3.9.4/ ./configure --prefix=$HOME/py394
N'utilisez pas –enable-optimizations sauf si vous êtes sur les plus vieilles machines du PSMN (x5570comp1, or x5570comp2, à la date de rédaction de cette documentation).
make -j6 make altinstall
Modifiez votre $PATH, comme il est demandé (dans votre ~/.bashrc, export PATH=“$HOME/py394/bin:$PATH”). Ce nouveau python est prêt à l'emploi, directement dans votre $HOME, exemple :
python3.9 -m pip install argparse pandas
Privilégiez, dans la mesure du possible, l'usage des environnements virtuels (voir plus haut).