Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:gatk [2018/03/26 12:21] – [GATK / Genome Analysis Toolkit] cpetit | documentation:tools:software:gatk [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== | ====== GATK / Genome Analysis Toolkit ====== | ||
| - | * the toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping. | + | This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping. |
| ^ Version | ^ Version | ||
| + | | 4.1.7.0 | ||
| + | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| + | | 3.8-1 | java | N/A | / | ||
| + | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| | 3.6 | java | N/A | / | | 3.6 | java | N/A | / | ||
| | | **modulefile** : GATK/ | | | **modulefile** : GATK/ | ||
| Ligne 11: | Ligne 15: | ||
| Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| + | |||
| + | Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...). | ||
| Usage : | Usage : | ||
| + | |||
| '' | '' | ||
| + | |||
| + | * **Version(s) 4** : | ||
| + | |||
| + | Le wrapper python2 est directement disponible dans le '' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | gatk --version/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | * **Version(s) 3** : | ||
| <code bash> | <code bash> | ||