R Statistical Computing

R is a free software environment for statistical computing and graphics.

R 4.1

Version Compilateur chemin d'accès OS
4.1.1 GCC/8.2.0 ${SITE}/Core/R/4.1.1/bin Debian 9
modulefile : R/4.1.1
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Pour cette version de R, il est maintenant conseillé d'installer les packages supplémentaires dans votre home. Voir la documentation à la fin de cette page.

R 4.0

Version Compilateur chemin d'accès OS
4.0.3 GCC/8.2.0 ${SITE}/Core/R/4.0.3/bin Debian 9
modulefile : R/4.0.3
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Use library() and installed.packages() to list all installed packages (on users's requests).

DESeq et DESeq2 ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1

R 3.6

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.6.1 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.6.1/bin Debian 9
modulefile : R/3.6.1
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • ape
  • phangorn
  • Bioconductor(3.9)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • AnnotationDbi
    • scone
    • rtracklayer
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
    • tailfindr
    • Pasha

R 3.4

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.4.3 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.4.3/bin Debian 9
modulefile : R/3.4.3
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.6)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • aod

R 3.2

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.2.4 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.2.4/bin Debian 9
modulefile : R/3.2.4
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés :

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.2)
    • DESeq (1.22.1)
    • xtable (1.8-2)
    • BiocGenerics (0.16.1)
    • bsseq (1.6.0)
    • glmnet (2.0-13)
    • DSS (2.10.0)
    • Biobase (2.30.0)
    • DESeq2 (1.10.1)
    • EBSeq (1.10.0)
    • memoise (1.1.0)
    • DEXSeq (1.16.10)
    • GenomicRanges (1.22.4)
    • GenomicAlignments (1.6.3)
    • Rsubread (1.20.6)
    • ggbio (1.18.5)
    • aod (1.3)

Installation de Libraries dans votre /home

Username / R_version / Package_name sont respectivement à remplacer par :

  • votre nom d'utilisateur
  • le bon numéro de version R voir ci-dessus
  • le nom de votre package

1/ Dans votre home, il faut créer un dossier :

  mkdir /home/Username/dossier_library_R

2/ Toujours dans votre home, vous devrez éditer votre fichier .profile et rajouter à la fin de ce dernier la ligne suivante :

  export R_LIBS="/home/Username/dossier_library_R":$R_LIBS

3/ Sourcez ensuite votre .profile pour qu'il soit prit en compte :

  source .profile

4/ Chargez R sur votre session et lancez le :

  module load R/R_version
  R

5/ Dans R, vous pouvez faire un :

  .libPaths()

pour vérifier que votre .profile est bien prit en compte en obtenant :

  [1] "/home/Username/dossier_library_R"
  [2] "/applis/PSMN/debian9/software/Core/R/R_version/lib/R/library"

6/ Installez alors votre package avec le chemin de votre home comme suit :

  install.packages("Package_name", lib="/home/Username/dossier_library_R")

7/ Enfin, il faudra charger le package :

  library(Package_name)

A noter que les dépendances du package doivent être installées sur le PSMN ou dans votre /home.

Il faudra également considérer le fait que votre package n'entre pas en conflit avec des installations déjà existantes.

Refs & docs externes

documentation/tools/software/r.txt · Dernière modification: 2021/08/17 17:06 par ltaulell