R Statistical Computing

R is a free software environment for statistical computing and graphics.

R 4.0

Version Compilateur chemin d'accès OS
4.0.3 GCC/8.2.0 ${SITE}/Core/R/4.0.3/bin Debian 9
modulefile : R/4.0.3
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Use library() and installed.packages() to list all installed packages (on users's requests).

DESeq et DESeq2 ne sont pas installable sur notre version 4.0.3. Si vous avez besoin de l'un ou l'autre, utilisez la version R/3.6.1

R 3.6

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.6.1 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.6.1/bin Debian 9
modulefile : R/3.6.1
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • ape
  • phangorn
  • Bioconductor(3.9)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • AnnotationDbi
    • scone
    • rtracklayer
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
    • tailfindr
    • Pasha

R 3.4

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.4.3 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.4.3/bin Debian 9
modulefile : R/3.4.3
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.6)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • aod

R 3.2

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.2.4 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.2.4/bin Debian 9
modulefile : R/3.2.4
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés :

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.2)
    • DESeq (1.22.1)
    • xtable (1.8-2)
    • BiocGenerics (0.16.1)
    • bsseq (1.6.0)
    • glmnet (2.0-13)
    • DSS (2.10.0)
    • Biobase (2.30.0)
    • DESeq2 (1.10.1)
    • EBSeq (1.10.0)
    • memoise (1.1.0)
    • DEXSeq (1.16.10)
    • GenomicRanges (1.22.4)
    • GenomicAlignments (1.6.3)
    • Rsubread (1.20.6)
    • ggbio (1.18.5)
    • aod (1.3)

Refs & docs externes

documentation/tools/software/r.txt · Dernière modification: 2021/02/08 18:52 par ltaulell