R Statistical Computing

R 3.6.1

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.6.1 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.6.1/bin Debian 9
modulefile : R/3.6.1
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • ape
  • phangorn
  • Bioconductor(3.9)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • AnnotationDbi
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
    • tailfindr
    • Pasha

R 3.4.3

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.4.3 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.4.3/bin Debian 9
modulefile : R/3.4.3
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • methylKit
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.6)
    • DESeq
    • xtable
    • BiocGenerics
    • bsseq
    • glmnet
    • DSS
    • Biobase
    • DESeq2
    • EBSeq
    • goseq
    • memoise
    • BiSeq
    • DEXSeq
    • GenomicRange
    • GenomicAlignments
    • Repitools
    • Rsubread
    • ggbio
    • aod

R 3.2

Version Compilateur chemin d'accès OS
3.2.4 GCC/7.2.0 ${SITE}/Core/R/3.2.4/bin Debian 9
modulefile : R/3.2.4
${SITE}=/applis/PSMN/debian9/software

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

libraries

Les packages suivants (ainsi que leurs dépendances) sont installés :

  • igraph
  • ade4
  • ggplot2
  • seqinr
  • multitaper
  • doMC
  • iterators
  • foreach
  • XNomial
  • data.table
  • devtools
  • phangorn
  • ape
  • Git
    • goldmine
    • methylaction
  • Bioconductor(3.2)
    • DESeq (1.22.1)
    • xtable (1.8-2)
    • BiocGenerics (0.16.1)
    • bsseq (1.6.0)
    • glmnet (2.0-13)
    • DSS (2.10.0)
    • Biobase (2.30.0)
    • DESeq2 (1.10.1)
    • EBSeq (1.10.0)
    • memoise (1.1.0)
    • DEXSeq (1.16.10)
    • GenomicRanges (1.22.4)
    • GenomicAlignments (1.6.3)
    • Rsubread (1.20.6)
    • ggbio (1.18.5)
    • aod (1.3)

Refs & docs externes

documentation/tools/software/r.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)