Trinity

  • assembles transcript sequences from Illumina RNA-Seq data.
Version Compilateur Interconnexion chemin d'accès OS
2.6.6 GCC/6.3.0 N/A /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.6.6 Debian 9
modulefile : Trinity/2.6.6
2.5.1 GCC/6.4.0 - OpenMPI/3.0.0 N/A /applis/PSMN/debian9/software/Local/Trinity/2.5.1 Debian 9
modulefile : Trinity/2.5.1
2.2.0 gcc-6.3.0 N/A /usr/bin Debian 9
modulefile : aucun

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

Pensez à supprimer après chaque run les répertoires chrysalis/Component_bins (ou CBin_*) qui surchargent /home et /scratch

Exemple de script de soumission

qsub -m e -m b trinity-sub.sh

trinity-sub.sh
#!/bin/bash
### variables SGE
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
### shell du job:
#$ -S /bin/bash
### nom du job:
#$ -N trinity
### file d'attente:
#$ -q E5-2670deb128bio
### parallel environnement & nslots
#$ -pe openmp16 16
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution
#$ -V
 
### Modulefiles
source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
module load Trinity/2.5.1
#
 
### sinon SGE travaille dans ~/
cd ${HOMEDIR}
 
### def scratchdir for trinity workdir and output
SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
mkdir -p $SCRATCHDIR
 
 
# *exemple* ! ajustez en fonction des besoins
 
Trinity --JM 60G --CPU 14 --seqType fq --left genome_f.fastq --right genome_r.fastq --output ${SCRATCHDIR} --path_reinforcement_distance 50
 
#

Site officiel

Config Trinity PSMN

Le code OpenMPI est désactivé. Seule la version séquentielle/“openmp” a été buildée (ie: mononoeud, SGE -pe openmp).

Options mémoire et CPU :

  • Queues E5-2670
    • -JM, -sort_buffer_size ⇒ 85% de la ram, pas plus (64G→55G, 128G→110G, 256G→215G)
    • -cpu ⇒ 16 CPU, OK.

C'est cpubound, le temps d'exec est le même entre nodes 64G, 128G et 256G

  • Queues x5570/x5650
    • -JM, -sort_buffer_size ⇒ 85% de la ram (24G→20G)
    • -cpu ⇒ 8 CPU, OK.

C'est 50% moins rapide que sur E5-2670

Doc admin-sys PSMN

Trinity doit être buildé là où il sera installé/utilisé (pas de notion de –prefix, pas d'install, chemins en dur lors du build).

Les plugins doivent être buildé après le build général de Trinity (oubli dans le Makefile des plugins)

Corriger

tar --no-same-owner

dans le Makefile des plugins.

make all && make plugins

:!: jellyfish, voir rush (r20140717).

documentation/tools/software/trinity.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)