VASP

Accès réservé aux utilisateurs autorisés

VASP est soumis à licence. Les binaires pour le Laboratoire de Chimie sont dans /Xnfs/chimie/vasp/executables/.

Script de soumission (exemple)

  • Pour les files d'attente du cluster Equip@méso, avec /scratch commun glusterfs

Un script régulièrement mis à jour est disponible dans /Xnfs/chimie/vasp/executables/.

qsub parexemple.sh

update needed
parexemple.sh
#!/bin/bash
### shell du job:
#$ -S /bin/bash
### nom du job:
#$ -N BN_opt
### files d'attente:
#$ -q E5-2670deb64A,E5-2670deb64B,E5-2670deb64C,E5-2670deb64D,E5-2670deb64E
### parallel environnement & nslots
#$ -pe mpi16_debian 16
### charge l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporte les variables d'environnement sur les noeuds d'exécution
#$ -V
 
HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR
SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
 
### mettre l'env au propre
 
 
### serveurs ayant acces au scratch commun : e5-2670comp[1-4], pick one.
SCRATCHSERV="e5-2670comp4"
 
echo "SCRATCHDIR=$SCRATCHDIR"
 
VASPDIR="/home/vasp/VASP_2013/bin"
VASPEXEC=VASP533_STDreopt1_EQX
LOGIN=<login>
PREFIX=/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
MPIRUN=$PREFIX/bin/mpirun
HOSTFILE=$TMPDIR/machines
 
### hostfile SGE si repartition sur plusieurs noeuds
/bin/cat $HOSTFILE >> $HOMEDIR/tmp
/bin/rm -f $HOMEDIR/Master
Master="`/usr/bin/head -1 $HOSTFILE`"
/bin/echo $Master >> $HOMEDIR/Master
 
### creation du repertoire de travail dans le /scratch
ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} << EOF
  if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]] 
  then
    /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR}
  fi
EOF
 
### avant les copies
cd $HOMEDIR
 
### copie des fichiers sources dans le /scratch
SOURCES="POSCAR KPOINTS POTCAR INCAR"
for FICHIER in $SOURCES
do
  scp ${HOMEDIR}/${FICHIER} ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER}
done
 
### nettoyage d'eventuels fichiers resultat intermédiaire indesirable
BADSOURCES="WAVECAR CHGCAR CHG"
for FICHIER in $BADSOURCES
do
  ssh ${LOGIN}@${SCRATCHSERV} "/bin/rm -f ${SCRATCHDIR}/${FICHIER}"
done
 
# Variables pour MPI
#export OMP_NUM_THREADS=1
#export MKL_NUM_THREADS=1
 
### run
cd ${SCRATCHDIR}
$MPIRUN -prefix $PREFIX -mca btl sm,openib,self -hostfile $HOSTFILE  -np $NSLOTS ${SCRATCHDIR}/${VASPEXEC} > ${SCRATCHDIR}/out
 
### recuperation des resultats a la fin du calcul
RESULTS="out OUTCAR POSCAR OSZICAR XDATCAR CONTCAR NEWMODECAR DIMCAR"
for FICHIER in $RESULTS
do
  scp ${LOGIN}@${SCRATCHSERV}:${SCRATCHDIR}/${FICHIER} ${HOMEDIR}/${FICHIER}
done
 
###

FAQ

  • cannot open shared object file
mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
orted: error while loading shared libraries: libirng.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Vérifier le ~/.cshrc/~/.bashrc ET l'env du vasp.j ⇒ il faut qu'ils correspondent.

  • mpirun process exited on signal 10
mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1).

Signal 10 = Walltime atteint Le job a été lancé sur une file d'attente courte.

documentation/tools/software/vasp.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)