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Compilation et d'exécution d'un programme (C)
Langage C, code séquentiel
Le programme SommeVecVecSEQ.c effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C.
Compilation du programme
- Définition du l'environnement) :
source /usr/local/modeles/gnu-4.6.3
- Vérification de la version du compilateur
gcc --version gcc (GCC) 4.6.3
- Compilation
gcc -o SommeVecVecSEQ.c.exe SommeVecVecSEQ.c
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVecSEQ.c.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation :
./SommeVecVecSEQ.c.exe
⇒ Le résultat s'affiche a l'écran :
Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
On utilise un script de soumission batch.csh (ou batch.sh, pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur le noeud d'execution.
SGE → batch.csh → binaire
qsub batch.csh
Your job 769504 ("batch.csh") has been submitted
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
769504 0.00000 test cicaluga qw 06/12/2012 07:21:46
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
batch.csh.o769504, - La sortie erreur (erreur standard) est redirigée dans le fichier
batch.csh.e769504.
cat batch.csh.o769504 Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Langage C, code parallèle
Le programme SommeVecVecPAR.c effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C. Chaque étape est effectuée sur 2 processus. Si le programme est exécuté sur plusieurs cœurs, seuls deux cœurs sont effectivement utilises.
Compilation du programme
- Définition du l'environnement
source /usr/local/modeles/openmpi-1.4.5-gnu-4.6.3
- Vérification
mpicc -showme gcc -I/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/include -pthread -L/softs/openmpi-1.4.5-gcc-4.6.3/lib -lmpi -lopen-rte -lopen-pal -lrdmacm -libverbs -ldl -lnsl -lutil -lm
- Compilation
mpicc -o SommeVecVecPAR.c.exe SommeVecVecPAR.c
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVecPAR.c.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation
mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.c.exe
Le résultat s'affiche a l'écran :
LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10 C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
On utilise un script de soumission batch.csh (ou batch.sh pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution.
SGE → batch.csh → binaire
qsub batch.csh
Your job 772030 ("batch.csh") has been submitted
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
772030 0.00000 test_par cicaluga qw 06/18/2012 07:41:51 2
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
772030 0.05000 test_par cicaluga r 06/18/2012 07:42:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
batch.csh.o772030, - La sortie erreur (erreur standard) est redirigée dans le fichier
batch.csh.e772030.
cat batch.csh.o772030 /home/cicaluga/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10