RAPPEL : allo-psmn est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et c'est tout. Pour travailler, il faut se connecter, depuis allo-psmn, sur l'un des serveurs de compilation

Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve à cette page ainsi que dans la F.A.Q..

Soumettre un job

On utilise la commande qsub pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :

qsub script_paralelle 

Scripts de soumission

Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.

Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon les configurations réelles des files d'attentes.

job parallèle

On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :

 qsub script
script
#!/bin/bash
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/bash
### nom du job (a changer)
#$ -N SommeVecVecPAR
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5_test
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe test_debian 2
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m b
#$ -m e
 
 
# donné par le système de batch
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
 
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
 
# init env (should be in ~/.profile)
source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
 
### configurer l'environnement
module purge
module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0 
 
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0/"
MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun
 
### execution du programme
 
###${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl vader,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.exe
 
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} SommeVecVecPAR.exe 
 
# fin
:!: OpenMPI 1.5.4 et supérieures
ATTENTION au hostfile :!:

Surveiller un job

Voir la documentation qui correspond et les exemples.

documentation/tutorials/submit.txt · Dernière modification: 2019/01/15 11:11 par cicaluga