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Compilation et d'exécution d'un programme (C)
Langage C, code séquentiel
Le programme SommeVecVecSEQ.c effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C.
Compilation du programme
Définition de l'environnement :
- définition de l'environnement pour tcsh
source /usr/share/modules/init/csh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1
- définition de l'environnement pour bash
source /usr/share/modules/init/sh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load intel/14.0.1
- vérification de la version du compilateur
icc --version icc (ICC) 14.0.1 20131008
Compilation :
icc -o SommeVecVecSEQ.c.exe SommeVecVecSEQ.c (avec intel)
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVecSEQ.c.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation :
./SommeVecVecSEQ.c.exe
⇒ Le résultat s'affiche a l'écran :
Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
On utilise un script de soumission batch.csh (ou batch.sh, pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur le noeud d'execution.
SGE → batch.csh → binaire
qsub batch.csh
Your job 769504 ("batch.csh") has been submitted
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
769504 0.00000 SommeVecVecSEQ cicaluga qw 06/12/2012 07:21:46
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
SommeVecVecSEQ.o769504, - La sortie erreur (erreur standard) est redirigée dans le fichier
SommeVecVecSEQ.e769504.
cat SommeVecVecSEQ.o769504 Les deux vecteurs : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 Le vecteur somme : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Langage C, code parallèle
Le programme SommeVecVecPAR.c effectue la somme des deux vecteurs A et B. Le résultat est mis dans C. Chaque étape est effectuée sur 2 processus. Si le programme est exécuté sur plusieurs cœurs, seuls deux cœurs sont effectivement utilises.
Compilation du programme :
Définition de l'environnement :
- définition de l'environnement pour tcsh
source /usr/share/modules/init/csh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
- définition de l'environnement pour bash
source /usr/share/modules/init/sh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
- Vérification
mpicc -showme icc -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/include -I/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -L/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7/lib -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -lrdmacm -libverbs -lrt -lnsl -lutil -ldl -lm -lnuma -lrt -lnsl -lutil
Compilation :
mpicc -o SommeVecVecPAR.c.exe SommeVecVecPAR.c
Le fichier binaire (exécutable) SommeVecVecPAR.c.exe a été généré.
Exécution sur le serveur de compilation
mpirun -np 2 ./SommeVecVecPAR.c.exe
Le résultat s'affiche a l'écran :
LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10 C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10
Exécution sur les nœuds
On utilise un script de soumission batch.csh (ou batch.sh pour le shell bash) pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
C'est le script de soumission qui configure l'environnement puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur les noeuds d'execution.
SGE → batch.csh → binaire
qsub batch.csh
Your job 772030 ("batch.csh") has been submitted
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
772030 0.00000 SommeVecVecPAR cicaluga qw 06/18/2012 07:41:51 2
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
772030 0.05000 SommeVecVecPAR cicaluga r 06/18/2012 07:42:16 r410B_ib_test@r410lin57.ens-ly 2
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
SommeVecVecPAR.o772030, - La sortie erreur (erreur standard) est redirigée dans le fichier
SommeVecVecPAR.e772030.
cat SommeVecVecPAR.o772030 /home/cicaluga/Support/FormationPSMN/SommeVecVecPar LES DEUX VECTEURS : A = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 B = 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0 LES DEUX VECTEURS LOCAUX : Je suis le proc 0 parmi 2 processus A local ( proc 0 ) = 1 2 3 4 5 B local ( proc 0 ) = 9 8 7 6 5 LE VECTEUR SOMME LOCAL : C local ( proc 0 ) = 10 10 10 10 10 LE VECTEUR SOMME : C = 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 Je suis le proc 1 parmi 2 processus A local ( proc 1 ) = 6 7 8 9 10 B local ( proc 1 ) = 4 3 2 1 0 C local ( proc 1 ) = 10 10 10 10 10