Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tutorials:submit [2018/01/17 12:16] – cicaluga | documentation:tutorials:submit [2024/02/22 13:12] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
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| - | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | ||
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| - | ====== Soumettre un job ====== | ||
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| - | On utilise la commande '' | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | qsub programme <input >output | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | Il est possible de rajouter des options : | ||
| - | <code bash> | ||
| - | qsub -V -m b -m e -e / | ||
| - | </ | ||
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| - | avec : | ||
| - | < | ||
| - | -V : export environment variables | ||
| - | -m b : mail @begin | ||
| - | -m e : mail @end | ||
| - | -e : where to put error files | ||
| - | -o : where to put output files | ||
| - | -q : file d' | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | **Il est plus simple de soumettre simplement un (ou plusieurs) script contenant plus d' | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | qsub -m b -m e monscript | ||
| - | </ | ||
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| - | ====== Scripts de soumission ====== | ||
| - | |||
| - | Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN. | ||
| - | |||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | D' | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ======job parallèle ====== | ||
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| - | |||
| - | On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : | ||
| - | |||
| - | <code bash> qsub script</ | ||
| - | |||
| - | <code bash script> | ||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | # | ||
| - | ### variables SGE | ||
| - | ### shell du job | ||
| - | #$ -S /bin/bash | ||
| - | ### nom du job (a changer) | ||
| - | #$ -N SommeVecVecPAR | ||
| - | ### file d' | ||
| - | #$ -q E5-2670_test | ||
| - | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
| - | #$ -pe test_debian 2 | ||
| - | ### charger l' | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | ### exporter les variables d' | ||
| - | #$ -V | ||
| - | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | ||
| - | |||
| - | # donné par le système de batch | ||
| - | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| - | |||
| - | # aller dans le repertoire de travail/ | ||
| - | # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ | ||
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| - | |||
| - | # init env (should be in ~/.profile) | ||
| - | source / | ||
| - | |||
| - | ### configurer l' | ||
| - | module load intel/ | ||
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| - | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| - | PREFIX="/ | ||
| - | MPIRUN=${PREFIX}/ | ||
| - | |||
| - | ### execution du programme | ||
| - | ### | ||
| - | ### | ||
| - | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | ||
| - | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm, | ||
| - | |||
| - | # fin | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | |||
| - | <note important>: | ||
| - | ATTENTION au hostfile : | ||
| - | ====== Surveiller un job ====== | ||
| - | |||
| - | Voir [[documentation: | ||