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Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve à cette page ainsi que dans la F.A.Q..
Soumettre un job
On utilise la commande qsub pour soumettre un job au système de batch du PSMN. Exemple :
qsub script_seq <input >output
Scripts de soumission
Voici quelques scripts de soumission d'un job au système de batch du PSMN.
Certaines variables ont ici des valeurs fantaisistes, pour vous forcer à les mettre à jour selon les configurations réelles des files d'attentes.
D'autres exemples de scripts (soumission, exécution), exemples de scripts de soumission ainsi que des tutoriaux.
job séquentiel (shell bash)
On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante :
qsub script_seq
- script_seq
#!/bin/bash # ### variables SGE ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} # init env (should be in ~/.profile) source /usr/share/lmod/lmod/init/bash ### configurer l'environnement (a changer) module load GCC/7.2.0 ### execution du programme (a changer avec votre executable) ###EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel ###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ./SommeVecVecSEQ.exe # fin
Travailler dans le /scratch
- script_seq
#!/bin/bash # ### variables SGE # ### shell du job #$ -S /bin/bash ### nom du job (a changer) #$ -N SommeVecVecSEQ ### file d'attente (a changer) #$ -q E5-2670_test ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be # aller dans le repertoire de travail/soumission # important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ cd ${SGE_O_WORKDIR} ### configurer l'environnement (a changer) module load GCC/7.2.0 # for bash: SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch} /bin/mkdir -p $SCRATCHDIR /bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.exe $SCRATCHDIR/ ###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/ # go to scratch (instead of workdir) before running binary cd ${SCRATCHDIR} ### execution du programme ######EXECDIR=/scratch/cicaluga/tempo EXECDIR=${SCRATCHDIR} ${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe > output ####./SommeVecVecSEQ.exe # copy results from scratch to home /bin/cp -r $SCRATCHDIR/output $SGE_O_WORKDIR/ rm -fr ${SCRATCHDIR}/* # fin
Surveiller un job
Voir la documentation qui correspond et les exemples.