Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| faq:chimie:lammps [2020/06/22 14:44] – [Submission script] tjiang | faq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== | + | ====== |
| ===== Submission script ===== | ===== Submission script ===== | ||
| - | <code bash sub_amber17.sh> | + | <code bash sub_lammps.sh> |
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| # | # | ||
| Ligne 18: | Ligne 18: | ||
| # donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
| - | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | + | HOSTFILE="${TMPDIR}/ |
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR} | + | if [[ -d "/ |
| - | + | ||
| - | if [[ -d "/ | + | |
| - | then | + | |
| - | SCRATCHDIR=/ | + | |
| - | elif [[ -d "/ | + | |
| - | then | + | |
| - | SCRATCHDIR=/ | + | |
| - | elif [[ -d "/ | + | |
| then | then | ||
| - | SCRATCHDIR=/ | + | |
| + | if [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR="/ | ||
| + | ### for E5N scratch / E5* queues | ||
| + | elif [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR=" | ||
| + | ### for Chimie scratch | ||
| + | elif [[ -e "/ | ||
| + | then | ||
| + | SCRATCHDIR="/ | ||
| + | else | ||
| + | echo "/ | ||
| + | exit 1 | ||
| + | fi | ||
| else | else | ||
| - | echo "/ | + | echo "/ |
| - | | + | |
| fi | fi | ||
| + | |||
| # Using /tmp as scratch instead | # Using /tmp as scratch instead | ||
| - | # SCRATCHDIR=/ | + | # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}" |
| - | echo $SCRATCHDIR | + | echo " |
| - | /bin/mkdir -p $SCRATCHDIR | + | /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" |
| # modifier les noms des fichiers | # modifier les noms des fichiers | ||
| - | cp -f in*.lmp data*.lmp ${SCRATCHDIR}/ | + | cd " |
| + | cp -f in*.lmp data*.lmp | ||
| + | #cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}" | ||
| - | cd ${SCRATCHDIR} | ||
| # modifier noms des fichiers | # modifier noms des fichiers | ||
| - | mpirun -v -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp | + | cd " |
| - | if [[ " | + | mpirun -v -hostfile |
| - | then | + | cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}" |
| - | | + | rm -f "${SCRATCHDIR}" |
| - | rm -f ${SCRATCHDIR}/ | + | |
| - | fi | + | |
| </ | </ | ||