FAQ : Sun Grid Engine

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La documentation de SGE, le tutoriel et quelques exemples.

Il manque les variables suivantes dans votre environnement :

.bashrc

# Override PATH wide
export PATH="/gridware/sge/bin/lx24-amd64:$PATH"
 
# SGE exports
export SGE_ROOT="/gridware/sge"
export ARCH="lx24-amd64"
export SGE_QMASTER_PORT="6444"
export SGE_EXECD_PORT="6445"
export SGE_CELL="default"
export SGE_CLUSTER_NAME="psmn"

Le modulefile Base/psmn configure ces paramètres pour vous.

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

L'un de vos scripts contient des lignes commençant par #$ (souvent une ligne de commentaires) qui est (mal) interprétée par SGE.

#$ est réservé à SGE pour effectuer des transmissions de paramètres (ex: #$ -cwd ou #$ -V).

• script générant une erreur :

#$ -cwd
#$ -V
${EXECDIR}/prog1
#${EXECDIR}/prog2

• script corrigé :

#$ -cwd
#$ -V
${EXECDIR}/prog1
##${EXECDIR}/prog2

• http://wiki.gridengine.info/wiki/index.php/Utilities
• http://www.cac.cornell.edu/Ranger/Environment/more_cmds.aspx
• http://cc.in2p3.fr/docenligne/1007
• http://www.blog.kubiak.co.uk/post/53
• https://wiki.duke.edu/display/SCSC/SGE+Env+Vars