Conservation et évolution du positionnement des nucléosomes médié par la séquence d'ADN chez les eucaryotes

Résumé de la thèse

De multiple études attestent l’existence de certaines séquences d’ADN empêchant la formation de nucléosomes, le premier niveau de structuration de l’ADN constituant la chromatine dans le noyau des cellules. Cette thèse se base sur un modèle physique de l’ADN pour détecter les régions réfractaires aux nucléosomes. Elles sont retrouvées chez toutes les espèces eucaryotes analysées, les fins de gènes colocalisant souvent avec une de ces régions. Nous présentons le couplage entre l’évolution de ces séquences et la structuration de l’ADN. Les régions réfractaires aux nucléosomes sont associées à des éléments répétés comme les microsatellites ou les éléments transposables, qui peuvent influencer leur formation et localisation. L’étude montre que l’ADN des eucaryotes influe sur l’organisation de la chromatine, même si cette organisation peut varier selon les espèces. Ces résultats ouvrent la voie à une meilleure compréhension de l’évolution de la structure du génome chez les eucaryotes.

Conservation and evolution of DNA sequence-mediated nucleosome positioning in eukaryotes

Multiple studies attest to the existence of certain DNA sequences that prevent the formation of nucleosomes. Nucleosomes are components of chromatin, the first level of DNA structure in the nucleus. This thesis is based on a physical model of DNA to detect nucleosome-refractory regions. They are found in all eukaryotic species analyzed, with gene endings often colocalizing with one of these regions. We show the coupling between the evolution of these sequences and the structuring of DNA. Nucleosome-refractory regions are associated with repeated elements such as microsatellites or transposable elements, which can influence their formation and location. The study shows that eukaryotic DNA influences the organization of chromatin, although this organization can vary between species. These results pave the way for a better understanding of the evolution of genome structure in eukaryotes.