Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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documentation:examples:tutorials_scripts [2015/02/23 13:04] – [Script de soumission bash parallèle] ltaulelldocumentation:examples:tutorials_scripts [2018/01/08 15:16] ltaulell
Ligne 29: Ligne 29:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 36: Ligne 37:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
-###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel +##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel 
-###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat+##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat
 ./SommeVecVecSEQ.f90.exe ./SommeVecVecSEQ.f90.exe
  
Ligne 69: Ligne 66:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 76: Ligne 74:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
Ligne 93: Ligne 87:
  
 ==== Script de soumission tcsh parallèle ==== ==== Script de soumission tcsh parallèle ====
 +
 +
 +<note warning>FIXME update needed</note>
 +
  
 <code bash> qsub batch.csh</code> <code bash> qsub batch.csh</code>
Ligne 113: Ligne 111:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 123: Ligne 122:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 136: Ligne 130:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
Ligne 142: Ligne 137:
 </code> </code>
  
-  * variante, usage des modeles (deprecated) 
  
-<code bash batch.csh> +==== Script de soumission bash parallèle ====
-#!/bin/tcsh +
-+
-### variables SGE +
-### shell du job +
-#$ -S /bin/tcsh +
-### nom du job (a changer) +
-#$ -N test_par +
-### file d'attente (a changer) +
-#$ -q E5-2670_test +
-### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) +
-#$ -pe test_debian 2 +
-### charger l'environnement utilisateur pour SGE +
-#$ -cwd +
-### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution +
-#$ -V +
-### mails en debut et fin d'execution +
-#$ -m be+
  
-# donné par le système de batch +<note warning>FIXME update needed</note>
-set HOSTFILE=$TMPDIR/machines +
- +
-# aller dans le repertoire de travail/soumission +
-# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/ +
-cd ${SGE_O_WORKDIR} +
- +
-### configurer l'environnement +
-source /usr/local/modeles/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7.csh +
-  +
-set PREFIX="/softs/openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7" +
-set MPIRUN=${PREFIX}/bin/mpirun +
- +
-### execution du programme +
-${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe +
-#mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe +
- +
-# fin +
-</code> +
- +
-==== Script de soumission bash parallèle ====+
  
 <code bash> qsub batch.sh</code> <code bash> qsub batch.sh</code>
Ligne 204: Ligne 161:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 214: Ligne 172:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 226: Ligne 179:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +###EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.f90.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.f90.exe
Ligne 231: Ligne 185:
 # fin # fin
 </code> </code>
- 
  
 ===== Langage C, Séquentiel ===== ===== Langage C, Séquentiel =====
Ligne 243: Ligne 196:
 # #
 ### variables SGE ### variables SGE
-# 
 ### shell du job ### shell du job
 #$ -S /bin/tcsh #$ -S /bin/tcsh
Ligne 255: Ligne 207:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 262: Ligne 215:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
-###set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel +##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel 
-###${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat+##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe  < Monfichierdedata > monfichierresultat
 ./SommeVecVecSEQ.c.exe ./SommeVecVecSEQ.c.exe
 +
 # fin # fin
 </code> </code>
Ligne 283: Ligne 233:
 # #
 ### variables SGE ### variables SGE
-# 
 ### shell du job ### shell du job
 #$ -S /bin/bash #$ -S /bin/bash
Ligne 295: Ligne 244:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # aller dans le repertoire de travail/soumission # aller dans le repertoire de travail/soumission
Ligne 302: Ligne 252:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-module load intel/14.0.1+
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 ##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel ##EXECDIR=${HOME}/Formation/Sequentiel
 ##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat ##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.c.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
-./SommeVecVecSEQ.c.exe +./SommeVecVecSEQ.c.exe 
 # fin # fin
 </code> </code>
Ligne 339: Ligne 286:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 349: Ligne 297:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh +source /usr/share/lmod/lmod/init/tcsh
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 362: Ligne 305:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
Ligne 367: Ligne 311:
 # fin # fin
 </code> </code>
- 
 ==== Script de soumission bash parallèle ==== ==== Script de soumission bash parallèle ====
  
Ligne 390: Ligne 333:
 #$ -V #$ -V
 ### mails en debut et fin d'execution ### mails en debut et fin d'execution
-#$ -m be+#$ -m 
 +#$ -m e
  
 # donné par le système de batch # donné par le système de batch
Ligne 400: Ligne 344:
  
 ### configurer l'environnement ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh +source /usr/share/lmod/lmod/init/bash
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-#module load intel/14.0.1 +
-module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1+
  
 ### au besoin, forcer l'env OpenMPI ### au besoin, forcer l'env OpenMPI
Ligne 412: Ligne 351:
  
 ### execution du programme ### execution du programme
 +##EXECDIR=${HOME}/Formations/Parallel
 ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe ##${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -mca btl sm,openib,self -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/SommeVecVecPAR.c.exe
 mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe mpirun -v -np ${NSLOTS} ./SommeVecVecPAR.c.exe
Ligne 417: Ligne 357:
 # fin # fin
 </code> </code>
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