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Les versions de python du système par défaut (Debian 9) sont Python 2.7.13 et Python 3.5.3. Ces versions sont des versions minimalistes pour lesquelles nous n'avons pas installé de modules supplémentaires.
Les modules python supplémentaires, ou mis à jour (par rapport à la version Debian 9 Stable), sont disponibles dans l'environnement additionnel Debian 9 du PSMN. Pour cela, il faut charger le modulefile pour la version de python désirée :
ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/2.7.13/lib/python2.7/site-packages
ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.6.1/lib/python3.6/site-packages
ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.8.3/lib/python3.8/site-packages
python3.6 -m pip
pour pip3
dans l'environnement Python/3.6.1
Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, cela est tout à fait possible. De même qu'il est possible de compiler son propre python dans son $HOME.
Au besoin, ajoutez aussi l'un des modulefiles Python.
See https://docs.python.org/3.6/library/venv.html for full documentation.
module load Python/3.6.1 mkdir -p ~/tests/py36 && cd ~/tests/py36 python3.6 -m venv ~/tests/py36
Cet environnement virtuel de travail sera minimal. Vous devrez installer ensuite les modules dont vous avez besoin.
Seulement si vous souhaitez utiliser les modules python déjà pré-installés, ajoutez –system-site-packages
lors de la création de l'environnement.
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate ltaulell@dl175comp:~$
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install scipy [... lots of logs ...] Successfully installed scipy Cleaning up...
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import scipy >>>
~/.bashrc
(pour Numpy seulement)export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"
~/.cshrc
set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"
source ~/tests/py36/bin/activate (py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install -U numpy [... lots of logs ...] Successfully installed numpy Cleaning up...
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3 Python 3.6.1 (default, Jan 8 2018, 14:24:20) [GCC 6.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import numpy >>>
export OMP_NUM_THREADS=1
à votre environnement d'exécution pour les programmes séquentiels.
Téléchargez la version de python qui vous interesse depuis python.org, puis décompactez l'archive. Suivez les étapes d'installation, en précisant –prefix
et altinstall
.
cd Python-3.9.4/ ./configure --prefix=$HOME/py394
N'utilisez pas –enable-optimizations
sauf si vous êtes sur les plus vieilles machines du PSMN (x5570comp1, or x5570comp2, à la date de rédaction de cette documentation).
make -j6 make altinstall
Modifiez votre $PATH
, comme il est demandé (dans votre ~/.bashrc
, export PATH=“$HOME/py394/bin:$PATH”
). Ce nouveau python est prêt à l'emploi, directement dans votre $HOME
, exemple :
python3.9 -m pip install argparse pandas
Privilégiez, dans la mesure du possible, l'usage des environnements virtuels (voir plus haut).