Les versions de python du système par défaut (Debian 9) sont Python 2.7.13 et Python 3.5.3. Ces versions sont des versions minimalistes pour lesquelles nous n'avons pas installé de modules supplémentaires.

Les modules python supplémentaires, ou mis à jour (par rapport à la version Debian 9 Stable), sont disponibles dans l'environnement additionnel Debian 9 du PSMN. Pour cela, il faut charger le modulefile pour la version de python désirée :

• Python/2.7.13 : modulefile Python/2.7.13
  • pour la liste des modules python ajoutés/mis-à-jour :

ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/2.7.13/lib/python2.7/site-packages

• Python/3.6.1 : modulefile Python/3.6.1
  • pour la liste des modules python ajoutés/mis-à-jour :

ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.6.1/lib/python3.6/site-packages

• Python/3.8.3 : modulefile Python/3.8.3
  • pour la liste des modules python ajoutés/mis-à-jour :

ls /applis/PSMN/debian9/software/Core/Python/3.8.3/lib/python3.8/site-packages

Si, pour une raison ou pour une autre, vous souhaitez installer dans votre $HOME des modules python supplémentaire, cela est tout à fait possible. De même qu'il est possible de compiler son propre python dans son $HOME.

Au besoin, ajoutez aussi l'un des modulefiles Python.

• Créer en environnement virtuel de travail

See https://docs.python.org/3.6/library/venv.html for full documentation.

module load Python/3.6.1
 
mkdir -p ~/tests/py36 && cd ~/tests/py36
 
python3.6 -m venv ~/tests/py36

Cet environnement virtuel de travail sera minimal. Vous devrez installer ensuite les modules dont vous avez besoin.

Seulement si vous souhaitez utiliser les modules python déjà pré-installés, ajoutez –system-site-packages lors de la création de l'environnement.

• Activer un environnement virtuel de travail

source ~/tests/py36/bin/activate
(py36)ltaulell@dl175comp:~$

• Sortir d'un environnement virtuel de travail

(py36)ltaulell@dl175comp:~$ deactivate
ltaulell@dl175comp:~$

• Installer Scipy dans l'environnement virtuel de travail

source ~/tests/py36/bin/activate
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install scipy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed scipy
Cleaning up...

• Utiliser Scipy dans l'environnement virtuel de travail

(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6
Python 3.6.1 (default, Jan  8 2018, 14:24:20) 
[GCC 6.4.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import scipy
>>> 

• Ajouter à votre ~/.bashrc (pour Numpy seulement)

export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/atlas-base:$LD_LIBRARY_PATH"

• Ou à votre ~/.cshrc

set LD_LIBRARY_PATH "/usr/lib/atlas-base:${LD_LIBRARY_PATH}"

• Installer Numpy dans l'environnement virtuel de travail

source ~/tests/py36/bin/activate
(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3.6 -m pip install -U numpy
 
[... lots of logs ...]
 
Successfully installed numpy
Cleaning up...

• Utiliser Numpy dans l'environnement virtuel de travail

(py36)ltaulell@dl175comp:~$ python3
Python 3.6.1 (default, Jan  8 2018, 14:24:20) 
[GCC 6.4.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> 

Téléchargez la version de python qui vous interesse depuis python.org, puis décompactez l'archive. Suivez les étapes d'installation, en précisant –prefix et altinstall.

cd Python-3.9.4/
./configure --prefix=$HOME/py394

N'utilisez pas –enable-optimizations sauf si vous êtes sur les plus vieilles machines du PSMN (x5570comp1, or x5570comp2, à la date de rédaction de cette documentation).

make -j6
 
make altinstall

Modifiez votre $PATH, comme il est demandé (dans votre ~/.bashrc, export PATH=“$HOME/py394/bin:$PATH”). Ce nouveau python est prêt à l'emploi, directement dans votre $HOME, exemple :

python3.9 -m pip install argparse pandas

Privilégiez, dans la mesure du possible, l'usage des environnements virtuels (voir plus haut).

• https://docs.python.org/3/
• https://www.pik-potsdam.de/members/linstead/guides/python-on-the-cluster/installing-your-own-python-modules-on-the-cluster