Des winter schools de niveau master/doctorat dans les domaines de la chimie ou de la physique computationnelles, visant à illustrer l'application des méthodes abordées au cours du premier semestre à des thèmes d'actualité dans le domaine de la recherche.

Une winter school du réseau RCTF/Themosia est organisée à Lyon ou à Marseille au cours des troisième et quatrième semaines de janvier ; elle aborde des thèmes d'actualité en chimie computationnelle, qui varient d'une année à l'autre.

MolSim, à Amsterdam, est une winter school prestigieuse consacrée à la simulation moléculaire, qui se tient chaque année au cours des deuxième et troisième semaines de janvier. Elle propose un programme axé sur les méthodes de simulation moléculaire, tant fondamentales qu'avancées, en physique, chimie ou biologie.