Principes et applications des nouvelles méthodes de séquençage à haut-débit (NGS)

Déroulement de la formation

• 1,5 jour (10 heures)

Contenu de la formation

Présentation des différentes méthodes de séquençage et haut débit (Solid, illumina, Ion torrent, 454 roche, Pacific biosciences…)  

• Principe et fonctionnement  
• Capacités de séquençage  
• Comparatif des différentes méthodes, forces et faiblesses  
• Les technologies de demain Les différentes applications NGS : quelle méthode choisir en fonction de son application ?  
• Génomique  
• Transcriptomique  
• Épigénomique  
• Métagénomique et biodiversité  
• Conclusions

De l’échantillon à la séquence : les grandes étapes méthodologiques

• Préparation des échantillons
• Extraction des ADN et ARN  
• Les différentes approches d’amplification par PCR  
• Les méthodes de capture et d’enrichissement  
• Construction des différents types de banques  
• Fragmentation/Sizing  
• Les méthodes de purification, d’amplification et de quantification  
• Séquençage des banques (exemples)

L’analyse des données de séquençage  

• Les principaux formats de fichiers de sortie de données  
• Quelques outils d’analyse