Seki Shinnosuke, Professeur affilié au LIP

Biographie

Le professeur Seki est titulaire d'une licence et d’un master en ingénierie de l’Université d’Électro-communications de Tokyo, il poursuit un parcours académique international avec un doctorat en sciences de l’informatique à l’Université de Western Ontario, au Canada. Après sa thèse, il effectue plusieurs recherches postdoctorales au Canada puis en Finlande. De retour au Japon, il intègre le milieu universitaire pour y enseigner et partager son expertise.

Collaboration avec le LIP

Depuis plus de dix ans, une collaboration fructueuse entre le CNRS et le professeur invité a permis d'importants progrès dans le domaine du calcul moléculaire, en particulier autour des modèles de calcul théoriques et de leur implémentation expérimentale in-vitro. Durant son poste de professeur invité sur trois ans, cette coopération a conduit à des avancées significatives dans le développement d’un système de calcul fondé sur l’ARN.

Les travaux récents ont amorcé la conception d’un système basé sur le modèle Oritatami, ouvrant la voie à une implémentation effective du calcul au niveau moléculaire. La prochaine étape consistera à concevoir des programmes moléculaires simples, mais extensibles, afin de permettre une montée en complexité progressive.

Publications majeures

• S. Z. Fazekas, N. Iwano, Y. Kihara, R. Matsuoka, S. Seki, and H. Takeuchi. Towards composable computations by RNA co-transcriptional folding: A proof-of-concept demonstration of nested loops in oritatami. Theor. Comput. Sci. 999 (2024) 114550.
• Y. Kihara and S. Seki. Programmable single-stranded architectures for computing. Nat. Comput. 22(3) (2023) 563-585.
• I. McQuillan and S. Seki (Eds.) Special issue: Unconventional Computation and Natural Computation (UCNC 2019), Nat. Comput. 20(2), 2021.
• S. Seki. Cotranscriptional Folding: A Frontier in Molecular Engineering -- A Challenge for Computer Scientists. SIAM News, May 01, 2017
• S. Seki. Patterned Self-Assembly Tile Set Synthesis. Encyclopedia of Algorithms, 1542-1545, Springer, 2016.
• L. Kari, S. Seki, and P. Sosik, DNA Computing: Foundations and Implications, in: G. Rozenberg, T. Back, J. Kok (Eds.), Handbook of Natural Computing, 1073-1127, Springer, 2012.