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Le séquençage du génome de la truite revisite l’évolution des génomes de vertébrés

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Actualité

Résumé

Publication de l'IGFL dans Nature Communications

Description

Un consortium français, coordonné par l’Inra et impliquant le CEA (Genoscope), le CNRS, l'ENS Paris et l'Institut de génomique fonctionnelle de Lyon (IGFL) en cotutelle CNRS/ENS de Lyon, INRA et UCBL) a séquencé et analysé le génome de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Il s’agit du premier séquençage d’un génome de salmonidés (famille des saumons et des truites). Ce résultat, publié le 22 avril dans Nature Communications, propose un nouveau scénario d’évolution des génomes de vertébrés et ouvre des perspectives pour la sélection en aquaculture.
(...) La conclusion surprenante de cette étude est que l'évolution d’un génome de vertébrés après duplication complète est un processus lent et progressif. Ce résultat est notamment soutenu par le fait qu’en dépit des 100 millions d’années écoulées depuis cet événement, les deux copies issues de cette duplication restent étonnamment conservées. Non seulement la structure générale des deux copies est restée très semblable, mais le contenu en gènes est lui-même très conservé, avec notamment de nombreux cas montrant que les deux copies du gène ancestral sont encore présentes et fonctionnelles. Ce résultat remet en cause l'hypothèse communément admise selon laquelle l'évolution d’un génome suite à une duplication complète implique une évolution rapide de sa structure et de son contenu en gènes.
Le séquençage de ce génome offre également des perspectives importantes pour le développement d’une aquaculture plus performante et plus durable, en accélérant l'analyse des caractères importants en élevage, l'identification des gènes responsables et la mise en place de programmes de sélection plus efficaces.

Quatre des co-auteurs de l'article sont chercheurs à l'IGFL dans l'équipe "Génomique évolutive des poissons" :
-
Domitille Chalopin, doctorante
- Frédéric Brunet,
Ingénieur de recherche
- Delphine Galiana, Maître de conférence
- Jean-Nicolas Volff, responsable de l'équipe
Communiqué de presse national commun
Références : Berthelot C, Brunet F, Chalopin D, Juanchich A, Bernard M, Noël B, Bento P, Dasilva C, Labadie K, Alberti A, Aury J-M, Louis A, Dehais P, Bardou P, Montfort J, Klopp C, Cabau C, Gaspin C, Thorgaard GH, Boussaha M, Quillet E, Guyomard R, Galiana D, Bobe J, Volff J-N, Genêt C, Wincker P, Jaillon O, Roest Crollius H, Guiguen Y. The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates. Nature Communications, 22 avril 2014. DOI : 10.1038/ncomms4657