Les chercheurs de l'ENS de Lyon participent à de nombreux projets de recherche financés par différents acteurs au niveau régional, national et européen. Ces financements font l'objet d'appels à projets et favorisent le développement de la recherche.
Le CIHAM- Histoire, archéologie, littératures des mondes chrétiens et musulmans médiévaux (UMR 5648) est un laboratoire unique en France par son positionnement chronologique, ses terrains de prédilection que sont le quart sud-est de la France et le monde méditerranéen (en particulier l’Italie, la péninsule ibérique et le Maghreb), sa pratique de l’interdisciplinarité et du comparatisme entre les mondes chrétiens et musulmans, mais aussi à l'intérieur même de ces aires culturelles.
Trois axes de recherche thématiques sont complétés par un axe transversal :
