Le point de vue de François-Loïc Cosset, directeur du CIRI ; François Vandenesch, directeur adjoint ; et Nathalie Alazard, directrice administrative.
Le Centre International de Recherche en Infectiologie : quelques chiffres
Le CIRI compte environ 350 membres :
• 101 chercheurs ou enseignants-chercheurs
• 107 ITA personnels techniques et administratifs
• 81 doctorants et post-doctorants
• 56 stagiaires
La recherche
La semaine de fermeture a été très éprouvante du fait de la taille du laboratoire qui compte un grand nombre de personnels, de multiples tutelles et différents sites. Ceci a été possible grâce à la mobilisation de la direction, de l’équipe hygiène et sécurité et de nombreux volontaires.
Concernant la recherche sur le coronavirus au CIRI, il y a eu quatre vagues durant cette période : certaines équipes sont restées actives car elles travaillaient déjà sur le coronavirus ; d’autres ont rapidement démarré des projets de recherche ; celles qui faisaient de l’analyse des réponses de l’hôte (en immunologie, par exemple) avaient besoin d’échantillons cliniques et ont donc initié leurs recherches plus tardivement, d’autant qu’il est nécessaire pour cela d’obtenir des autorisations éthiques ; enfin, le démarrage d’autres projets fondamentaux a nécessité du temps pour la réflexion afin de poser les bonnes questions et de trouver les financements pour y répondre. Dans un autre registre, le CIRI compte aussi de nombreux personnels hospitalo-universitaires qui ont aussi été très fortement mobilisés dans leurs activités de soin, de recherche clinique et/ou de diagnostic.
Sur le campus de l’ENS de Lyon, il n’y avait pas grand monde pendant les mois de confinement à part quelques chercheurs et les personnes qui supervisaient le redémarrage du laboratoire P3* (bâtiment M5) avec un box dédié au coronavirus. Ce virus se transmet par voie respiratoire et, comme il y a eu pénurie de masques, il a fallu attendre un mois avant de se procurer les équipements de sécurité spécifiques (masques FFP3, notamment) pour pouvoir démarrer des projets dans le P3. La Vice-présidence Recherche a été une aide précieuse dans l’obtention des diverses autorisations, dans le suivi de la sécurité et dans l’accompagnement général.
*Laboratoire haute sécurité de niveau 3 (P3)
Ce laboratoire comporte des salles de tests où les échantillons à risque peuvent être manipulés. L'accès à ce laboratoire est strictement réglementé. Des études de pathogènes de niveau 3 peuvent aussi être effectuées par des équipes du Campus de Gerland ou de l'extérieur (autres unités ou privé).
Parallèlement, deux ou trois projets prioritaires, avec des modèles animaux étudiés sur de longues durées, parfois un an, ont été maintenus car, d’un point de vue scientifique, il était impossible de les arrêter ou de les redémarrer sans perdre toutes les données acquises.
Le CIRI a été contacté à de très nombreuses reprises par les médias pendant cette période. Il était toutefois impossible de répondre à toutes les sollicitations et questions, dont certaines n’ont toujours pas de réponses à ce jour ; la priorité a donc été donnée au travail et pas forcément à la communication. D’autant que les personnels étaient également très sollicités par leur quotidien, leurs enfants (enfants qui faisaient parfois un coucou en conseil de direction ou de laboratoire) et un système social en déséquilibre.
Le CIRI a des relations avec l'Institut de Virologie de Wuhan et le laboratoire P4 de Wuhan en Chine, ce qui a permis répondre à certaines questions épineuses (sur l’origine du virus SARS-CoV-2) ainsi que de manifester son soutien vis-à-vis de sa mise en cause concernant la pandémie de Covid-19.
Cette période a aussi été propice à la rédaction de papiers car chacun disposait de plus de temps pour exploiter ses données. Des revues ont également été écrites sur des sujets qui n’étaient pas couverts jusqu’alors. Chacun a également disposé de temps pour la bibliographie, mais tous, et particulièrement les étudiants, n’avaient qu’une envie : maniper !
Nouvelles habitudes, nouvelles méthodes
La période a été pour beaucoup d’équipes du CIRI l’occasion de mettre en place le CLE (Cahier de Laboratoire Électronique) de l’Inserm afin de remplacer le cahier papier. Cet outil accessible en ligne nécessite une grosse prise en main (facilitée par les circonstances), mais à terme, il facilite les échanges de pratiques et améliore la traçabilité et le suivi des expériences. Deux personnes qui travaillent ensemble peuvent écrire dans un même cahier et le chef d’équipe a un accès facilité aux cahiers de son équipe. Les protocoles de l’équipe peuvent être standardisés et un suivi des réactifs est possible. L’outil permet à chaque instant de se coordonner en sachant qui a fait quoi, il offre aussi une facilité d’archivage et, cerise sur le gâteau, une option de recherche pour retrouver une manip en particulier.
Parmi les outils de visio proposés par les différentes tutelles, le CIRI a choisi d’utiliser l’outil proposé par l’Inserm pour organiser ses séminaires hebdomadaires internes en ligne dès le 3 avril. Le séminaire du CIRI a ainsi accueilli virtuellement chaque semaine jusqu’à 120 personnes et le fait de pouvoir y assister sans se déplacer a beaucoup plu et sera certainement conservé à l’avenir.
En parallèle, Xavier Charpentier a organisé pour la première fois un colloque international en ligne : La transformation naturelle - Comment/pourquoi les bactéries captent de l'ADN dans leur environnement.
Les différentes technologies qui permettent de faire de la visioconférence ouvrent en effet cette possibilité, mais elles ne pallient pas le besoin d’échanges humains, de hasards et de rencontres. En biologie, la partie poster des conférences est très importante pour initier de manière fortuite de nouvelles collaborations, ce qui est difficile en ligne.
Grâce à tout cela et aux initiatives au sein des équipes, la vie du Centre a pu continuer pendant cette "drôle" de période, sans quoi la reprise eut été d’autant plus compliquée. Il y a eu quelques soutenances de thèse en visio, à huis clos, avec la frustration pour tous de n’avoir pas pu y assister ni à la soutenance, ni au traditionnel pot…
Plan de reprise des activités
Plutôt que "reprise d’activité" nous préférons le terme choisi par Lyon 1 de "réinvestissement du campus" car nous n’avons jamais cessé nos activités. Les personnes qui ont réintégré le site en priorité ont été les expérimentateurs en thèse et en post-doc, les chercheurs qui avaient des manips, les ingénieurs et les techniciens.
Nous sommes d’ailleurs reconnaissants envers l’ENS de Lyon qui a décidé de fournir une aide aux doctorants impactés afin que ces mois de recherche ne soient pas complètement perdus...
Nous avons également essayé d’être à l’écoute de ceux dont la situation à domicile était compliquée. Enfin il a fallu prendre en compte l’articulation entre contraintes d’occupation des sites et contraintes personnelles. Il a ainsi fallu résoudre une équation du 5e degré pour trouver la meilleure solution lors de ce réinvestissement. Les équipes se réjouissent de pouvoir revenir sur site pour avancer certaines recherches avant de partir en vacances.
François-Loïc Cosset, directeur du CIRI
Né en 1964, François-Loïc Cosset a soutenu une thèse de doctorat en 1990 – Tranfert de gènes par des vecteurs rétroviraux aviaires : élaboration de lignées cellulaires transcomplémentantes aviaires, mise au point d'un nouveau procédé de vaccination utilisation des vecteurs rétroviraux – sous la direction de Victor Marc Nigon et Gérard Verdier à l’Université Claude Bernard Lyon 1.
Après un séjour d’un un an dans les laboratoires de l’Institut Chester Beatty à Londres, grâce à une bourse du programme scientifique "Frontière humaine" (HFSP), il entre au CNRS en 1994 et dirige dès l’année suivante une équipe constituée autour des thématiques de l’assemblage et de l’entrée cellulaire des virus enveloppés comme les Flaviviridae (notamment le virus de l’hépatite C) et les Retroviridae (plus particulièrement les gamma-retrovirus).
L’équipe développe également des vecteurs viraux pour la thérapie génique et la vaccination. Avant la création en 2013 du Centre international de recherche en infectiologie dont il est l’actuel directeur, François-Loïc Cosset a été directeur du Laboratoire de virologie humaine (LVH). Ses travaux de vectorologie, la technologie des vecteurs rétroviraux pseudotypés et leur adaptation pour la thérapie génique ou pour le criblage d’inhibiteurs ont abouti à de nombreuses publications et dépôts de brevets.
François Vandenesch, directeur adjoint
Né en 1960, François Vandenesch a soutenu une thèse de doctorat en médecine en 1993 – Les exoprotéines des staphylocoques et leur régulation – sous la direction de Jérôme Étienne à l’Université Claude Bernard Lyon 1.
Depuis 1996, il est professeur à la Faculté de médecine de Lyon 1 et Praticien hospitalier aux Hôpitaux de Lyon.
En dirigeant à la fois un grand laboratoire de microbiologie clinique, le Centre national de référence (CNR) Staphylocoques et l'équipe de recherche INSERM "Pathogénie des staphylocoques", ses recherches sont fortement orientées vers l'épidémiologie et la mécanistique des infections bactériennes – avec un accent particulier sur les staphylocoques – et l'implication potentielle de ces recherches pour des outils de diagnostic, ou pour le développement prophylactique et/ou thérapeutique.
Nathalie Alazard, directrice administrative
Née en 1977, Nathalie Alazard-Dany étudie à l’ENS de Lyon et soutient une thèse de doctorat en médecine en 2006 – Étude de la cytotoxicité de la glycoprotéine GP de l’Ebolavirus exprimée dans les cellules infectées et à l’aide d’un réplicon dérivé du flavivirus Kunjin – sous la direction de Viktor Volchkov.
Professeure agrégée depuis 2012, elle occupe, en parallèle de ses activités d’enseignement, plusieurs postes à responsabilité au sein de l’ENS de Lyon : responsable du service Usages Numériques et Ingénierie des Savoirs de 2010 à 2011 ; directrice adjointe aux Études de 2011 à 2014 et directrice adjointe du département de biologie depuis 2017 ; administratrice générale du CIRI depuis 2014.
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