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Actualité de l'ENS de Lyon

EquipEx+ : 3 projets pour l’ENS de Lyon

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Actualité

Résumé

Suite à l’annonce des résultats de l'appel à manifestations d'intérêt (A.M.I.) Équipements Structurants pour la Recherche (E.S.R. : EquipEx+) le 18 décembre 2020, l’ENS de Lyon est impliquée dans 3 projets (1 en tant que porteur de projet et 2 en tant que partenaire).

Description

Spatial-Cell-ID - Équipement national de transcriptomique spatio-temporelle à résolution cellulaire

Projet coordonné par l’ENS de Lyon, porté par Yad Ghavi-Helm (IGFL) et co-porté par Olivier Hamant (RDP) et Jonathan Enriquez (IGFL).

Cells ©National cancer instituteLes fonctions des cellules et des tissus dépendent de la régulation fine des réseaux génétiques. Pour des raisons techniques, les biologistes se sont longtemps limités à observer l'expression des gènes à l'échelle d'un tissu ou d'un organe entier. Toutefois, ces tissus sont constitués de cellules individuelles à différents stades développementaux ayant des formes et fonctions variées. Ces singularités cellulaires se caractérisent par une importante hétérogénéité d'expression génétique entre cellules voisines. Il est désormais indispensable de caractériser systématiquement la distribution spatiale de cette hétérogénéité et sa dynamique dans le temps in situ. C'est ce que le projet Equipex+ Spatial-Cell-ID vise à accomplir : caractériser l'expression de tous les gènes dans chaque cellule en conservant sa position spatiale au sein de son tissu/organe/organisme d'origine, dans un contexte normal ou pathologique. Cela est permis grâce aux développements très récents en transcriptomique spatiale, alliant la génomique, l'imagerie et la bioinformatique. 

Biblissima+ - Observatoire des cultures écrites, de l’argile à l’imprimé

Projet coordonné par le Campus Condorcet avec 14 partenaires 
dont Maelys Blandenet (CIHAM et HISOMA)

Écriture sur argileBiblissima+ est une infrastructure numérique multipolaire de recherche fondamentale et de service consacrée à l'histoire de la transmission des textes anciens, des premières tablettes d'argile mésopotamiennes, il y a 3 000 ans, aux premiers livres imprimés, quels que soient les supports et les langues. Biblissima+ est à l'échelle nationale le lieu de traitement et de mise en interopérabilité de toutes les données en jeu dans l'histoire de la transmission et de l'étude des cultures écrites anciennes. Biblissima+ concerne l'ensemble des collections patrimoniales transmettant des textes anciens, y compris les sources archéologiques, les sceaux et monnaies, mais aussi les archives d'érudits modernes et de chercheurs contemporains.

L'agrégation des données se fait autour d'un enrichissement massif des référentiels data.biblissima, mis à la disposition des grands acteurs du monde de la conservation et de la diffusion scientifique, afin de leur permettre d'affiner la fouille de données dans la documentation qu'ils mettent à disposition des usagers. En retour, Biblissima+ agrège autour de ses identifiants la numérisation des sources anciennes, les ressources documentaires, la bibliographie (éditions électroniques, articles et ouvrages archivés, publications vivantes). On verra s'articuler et s'enrichir mutuellement différents outils nationaux de grande envergure sur une thématique large et variée, qui se trouve à la base de toute histoire de la culture. Ainsi d'importants bassins de données deviendront interopérables, comme le souhaitent les utilisateurs.

InfectioTRON - Outils intégratifs et multidisciplinaires pour l’étude des maladies infectieuses de l’environnement au laboratoire

Projet coordonné par l’Université Claude Bernard Lyon 1 avec 8 partenaires
projet co-porté par Fabrice Vavre (LBBE), Fabienne Archer (IVPC) et François-Loïc Cosset (CIRI)

Une santéLe concept de "One Health" est reconnu comme un concept majeur dans le domaine de la prévention et de la gestion des maladies infectieuses. L'intégration de disciplines telles que l'écologie, l'évolution, l'immunologie et l'infectiologie est particulièrement nécessaire dans le contexte des maladies (zoonotiques) (ré)émergentes, des maladies à transmission vectorielle et de la résistance aux antimicrobiens. Toutefois, après quinze ans, la mise en œuvre de cette approche est encore limitée. Les obstacles sont connus et reposent sur la difficulté de proposer des outils intégratifs autour de communautés interdisciplinaires, et reliant le terrain au laboratoire. Le projet InfectioTron relève ce défi en s'appuyant sur trois leviers : 

  1. une communauté riche, reconnue et interdisciplinaire. Le projet s'appuie sur une communauté réunissant praticiens hospitaliers et vétérinaires, infectiologues, immunologistes, écologistes et évolutionnistes couvrant la santé humaine, animale et végétale. D'abord structurée dans le cadre du Labex Ecofect, cette communauté sera élargie à la santé des plantes et renforcée en fournissant des outils pour rassembler les partenaires autour de projets communs ;
  2. un écosystème de structures et de plateformes complémentaires et coordonnées. Unique en France, il permet l'étude de systèmes infectieux depuis leur environnement naturel jusqu'à l'analyse des mécanismes moléculaires et cellulaires des infections ;
  3. un outil pour le développement de l'écosystème lyonnais. Le lancement du Pôle de Santé Publique Vétérinaire est un signe fort de la volonté que Lyon devienne un centre de référence international sur l'approche One Hea
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